Actualités

Several studies recently highlighted the role of lipoprotein receptors in viral entry. These receptors are evolutionarily ancient proteins, key for transport of lipids as well as other signaling molecules across the plasma membrane. Here, we discuss the different families of lipoprotein receptors and how they are hijacked by enveloped viruses to promote their entry into infected cells. While the usage of lipoprotein receptors was known for members of Flaviviridae family and for vesicular stomatitis virus, the last four years have seen the discovery that these receptors are used by many genetically unrelated viruses. We also emphasize how viral particles interact with these receptors and the possible targeting of these host factors as antiviral strategies.

Want to read more: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2024.107849

Vendredi 14 juin, des jeux collaboratifs (ou compétitifs !) en plein air ont animé l'espace vert du bâtiment Rosalind Franklin. Des membres du CIRI sont venus jouer, discuter et partager un moment ensemble.

La soirée s'est poursuivie avec une paëlla géante, dans une ambiance festive ! 

Merci aux organisateurs et aux organisatrices, et tous et toutes d'être venus ! 

Retour en images sur la soirée :

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Les rétrovirus endogènes, des virus très anciens qui se sont intégrés au génome humain, font une halte ce mois-ci en Espagne. Ils ont été intensivement étudiés par des chercheurs de cinq pays européens différents, dans le cadre du projet HERVCOV, financé par la Commission européenne. Ce projet se concentre sur la protéine virale HERV-W-ENV, une molécule induite lors de l'infection par le SARS-CoV-2 et présente à des niveaux élevés dans le sang des patients atteints de COVID-19 sévère, et qui a été associée aux troubles du « COVID long ».

La réunion du Consortium 2024

Deux jours de réunions, de débats intenses et de réseautage se sont tenus les 20 et 21 mai à Saragosse. La plupart des chercheurs impliqués dans le projet HERVCOV se sont réunis au Centro de Investigación Biomédica Aragón (CIBA) de l'Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud, où les différents représentants des work packages ont présenté les progrès réalisés au cours de l'année écoulée.

Le deuxième jour de la réunion a été caractérisé par un événement de sensibilisation destiné au grand public où les familles, les jeunes, les étudiants et les citoyens ont pu faire une promenade « virtuelle » dans les laboratoires d'HERVCOV en utilisant la réalité virtuelle, jouer à un quiz stimulant avec des prix pour découvrir les rétrovirus endogènes ou jouer à « Biology challenge », un jeu de sensibilisation basé sur DOBBLE créé par Bioscienza Responsabile, l'association italienne pour la communication scientifique composée de chercheurs de l'Université de Rome « Tor Vergata » et partenaire du réseau Frascati Scienza.

Dans les bars de Lyon et Saint-Etienne, comme dans 52 autres villes en France, le festival Pint of Science a permis la diffusion de la science vers un public curieux et passionné. Des membres du CIRI ont participé à la réussite de cet événement qui fait le lien entre recherche et société.

Lyon : Qu’est ce qu’un virus et comment les étudier sans mourir ?

Le 15 mai dernier, au bar Tire-toi une bûche, 40 personnes sont venues comprendre comment on étudie les virus pathogènes en laboratoire. 

6 ans après avoir découvert le festival en tant que spectratrice, Maureen Ritter (doctorante en virologie, équipe EVIR) a rejoint le côté des présentateurs et présentatrices. Elle a expliqué des techniques de virologie de façon vulgarisée. C'est aussi l'occasion de parler de vivant de façon plus large. Par exemple, "est-ce qu'un virus est vivant ?" permet de présenter les critères du vivant et de souligner que la frontière est floue, même pour les experts du domaine. 

La soirée se fait dans une bonne ambiance, démystifie les sciences et permet de répondre aux questions autour des virus. C'est un moment de partage qui sort la tête du labo : "C'est chouette de voir que ce qu'on fait en recherche c'est intéressant pour des gens dont ça n'est pas le métier !".

Saint-Etienne : la face cachée du festival

L'équipe GIMAP représente fièrement le CIRI dans l'organisation stéphanoise du festival ! Aurélien Peyron (doctorant) est coordinateur pour la ville de Saint-Etienne, et d'autres membres de l'équipe se sont également impliquées : Jade Majorel (doctorante), Lily Bruyère (étudiante et alternante), Alicia Eymaron (étudiante).

De la recherche d'intervenant.es au repérage des bars, l'équipe organisatrice chapote la face cachée du festival. Rassemblés par une passion pour les sciences et pour la vulgarisation au grand public, ils partagent aussi des moments de partage avant même le festival. Lors du festival, ils accompagnent les intervenant.es et animent les soirées. Et ce ne sont pas les animations qui manquent ! Un quizz généraliste sur les sciences permet d'attiser la curiosité des participants, qui participent ensuite par exemple à un Cluedo sur les roches (présentation de Maeva Darnault, Doctorante - Laboratoire LGL-TPE, Université de Lyon et Université Jean Monnet). 

C'est l'occasion de désenclaver la science, de l'ouvrir vers un large public. Aurélien raconte l'expérience d'un groupe de jeunes qui se sont retrouvés par hasard devant les présentations et se sont pris au jeu.
C'est aussi un moment interdisciplinaire pour les scientifiques, comme les membres de l'équipe GIMAP qui ont cotoyé géologues, informaticiens, chercheurs en sciences humaines et sociales, etc.

Sur 3 jours de festival, c'est 300 festivaliers qui ont été accueillis par l'édition stéphanoise. 

Pint of Science Saint-Etienne a reçu le soutien de la Faculté de médecine de l'Université Jean Monnet. 

Pour en savoir plus sur Pint of Science...

La maladie de Crohn est une pathologie inflammatoire chronique de l’intestin qui touche plusieurs millions de personnes dans le monde, avec une incidence accrue dans les pays développés et nouvellement industrialisés. Cette maladie se caractérise par une alternance de périodes de poussées-rémissions, la survenue de complications et le développement de résistances aux traitements. L’ensemble de ces évènements restent imprévisibles ce qui nécessite une bien meilleure compréhension des éléments cellulaires et moléculaires liés à cette pathologie dans l’espoir d’améliorer le diagnostic, la prise en charge et le traitement des patients.

Des études génomiques ont permis d’identifier de nombreux allèles à risque et en particulier en lien avec une fonction cellulaire indispensable à toute cellule de l’organisme, l’autophagie. Elle joue un rôle crucial dans le maintien de l’équilibre et des fonctionnalités des cellules de l’organisme (homéostasie cellulaire). Il s’agit aussi d’un élément central de la réponse immunitaire, en permettant par exemple la dégradation de microorganismes intracellulaires, ou encore en régulant l’intensité de réponses inflammatoires.

Néanmoins, malgré l’identification de ces allèles à risque, aucune donnée n’a jamais réellement démontré une incidence du polymorphisme de gènes autophagiques à risque sur l’activité autophagique chez des patients Crohn.

Pour répondre à cette question, des chercheuses et chercheurs au Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI – Inserm/UCBL/CNRS/ENS de Lyon) ont développé une nouvelle approche. En mesurant avec précision les propriétés dynamiques du flux autophagique dans des cellules de patients atteints de la maladie de Crohn, ils ont identifié pour la première fois un défaut du flux autophagique chez les patients exprimant un polymorphisme touchant un gène de l’autophagie.

« Chez ces patients, le niveau d’autophagie est réduit, ainsi que la vitesse à laquelle les éléments cytosoliques sont dégradés », explique Aurore Rozières (Maîtresse de Conférences à l’UCBL) qui a dirigé ces travaux.

Cette étude, publiée dans Autophagy, est la première à caractériser le flux autophagique à partir de cellules de patients et ouvre ainsi d’importantes perspectives pour la compréhension de la maladie de Crohn et l’identification possible de nouvelles cibles moléculaires de diagnostic et/ou de futurs traitements.

Crédits : Mathieu Martin - Université Claude Bernard Lyon 1

La capacité des vaccins à ARNm intramusculaires contre le SARS-CoV-2 à induire une réponse anticorps au niveau des muqueuses reste encore débattue.

Cette étude réalisée à partir des essais COVICOMPARE-M et COVICOMPARE-P consiste à comparer la réponse humorale de personnes vaccinées contre le Covid-19 par des vaccins à ARNm. Concrètement, il s’agit d’analyser, au niveau salivaire, la réponse des anticorps à la vaccination des sujets naïfs (non infectés par le SARS-CoV-2 avant ou entre les phases de vaccination), à celle des sujets ayant été infectés avant la vaccination (pré-infectés).

Au total, 427 participants ont été inclus dans cette étude, parmi lesquels 120 pré-infectés. Entre février et juillet 2021, les participants naïfs ont reçu deux doses du vaccin Moderna ou Pfizer-BioNTech. Les participants pré-infectés, quant à eux, n’ont reçu qu’une dose du vaccin Pfizer. Les échantillons ont été recueillis avant la première dose (J1), puis avant la deuxième (J29), ensuite à J57 et à J180.

Les anticorps IgA¹ salivaires spécifiques du SARS-CoV-2 sont détectés de manière plus importante chez les sujets pré-infectés que chez les sujets naïfs. Toutefois, après vaccination, une augmentation de faible intensité du taux d’IgA est constatée chez les participants non pré-infectés ayant reçu le vaccin Moderna.  En comparaison, les anticorps IgG spécifiques du SARS-CoV-2 sont largement détectés dans la salive après vaccination aussi bien chez les sujets naïfs, que chez les pré-infectés. Dans les deux cas, les taux d’anticorps IgA et IgG mesurés au niveau salivaire sont fortement corrélés aux taux sériques, indiquant une vraisemblable diffusion du sang vers la salive.

Les résultats de cette étude montrent que la vaccination ARNm est associée à une très faible immunité spécifique des muqueuses, mais à des niveaux beaucoup plus faibles chez les participants naïfs. D’autres études sont nécessaires pour déterminer l’association entre les taux d’IgA salivaires spécifiques et la prévention de l’infection ou de la transmission du SARS-CoV-2.

Les essais COVICOMPARE-P et COVICOMPARE-M ont été labellisés Priorité Nationale de Recherche par le Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherches sur l’épidémie de Covid-19 (CAPNET). Cette étude a été conduite par le réseau F-CRIN I-REIVAC, réseau d’excellence dédié à l’investigation clinique en vaccinologie, avec le soutien scientifique et financier de l’ANRS Maladies infectieuses émergentes, du ministère de la Santé et de la Prévention et du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

Retrouvez l'étude publiée dans le JAMA Network Open.

Au CIRI, Stéphane Paul (équipe GIMAP) et Jean-François Nicolas (équipe EIA) ont participé à cette étude.

¹. Les anticorps IgA sont principalement retrouvés dans les sécrétions (salive, larmes, sécrétions digestives et pulmonaires). On les trouve également dans le sang en quantités beaucoup plus faibles que celles des anticorps IgG. Il existe une forme particulière d’IgA, l’IgA sécrétoire, qui n’est retrouvée que dans les sécrétions ou elle joue un rôle antiviral particulièrement efficace.

Une brève histoire de la microbiologie

De la découverte des bactéries et des virus à la révolution de la génomique

L'ouvrage est divisé sept parties distinctes :

• « Des miasmes à la naissance de la bactériologie »
• « L'âge d'or de la bactériologie »
• « Naissance de la virologie »
• « Développements dans l'identification microbienne au cours du XXe siècle »
• « Évolution du séquençage de l'ADN et de l'ARN »
• « Principales applications de la biologie moléculaire en microbiologie »
• « Quelques découvertes marquantes de l'époque moderne »

Ces parties permettent de comprendre les formidables développements de la microbiologie depuis les premiers isolements de bactéries réalisés sur des pommes de terre jusqu'aux méthodes de séquençage les plus récentes permettant des avancées exceptionnelles dans les domaines du diagnostic mais aussi du traitement des maladies infectieuses.

Ouvrage de Jean Freney et Frédéric Laurent paru aux éditions ESKA - Médecine.

Frédéric Laurent est praticien hospitalier et chercheur au CIRI, spécialisé dans les phages, dans l'équipe StaPath.

Pour en savoir plus... 

L'ère des pandémies : COVID, les avancées de la recherche

Covid 19, l’histoire naturelle d’une maladie. Que dit la science sur les risques d’une nouvelle ère épidémique ?

Le monde est-il entré dans une nouvelle ère épidémique ? Que dit la science ? Depuis plusieurs années, les scientifiques alertent sur l’émergence de nouvelles maladies et l’influence des facteurs environnementaux et sociaux sur la santé. La Covid et la crise sanitaire qu’elle a provoqué a précipité une nouvelle prise de conscience sur les dangers que font planer virus, coronavirus et autres variants sur l’humanité. Dans cet ouvrage, les chercheurs, médecins, biologistes, épidémiologistes se proposent de faire « l’histoire naturelle de cette maladie » : raconter son histoire pandémique et les questionnements qu’elle a suscités, comprendre les virus et les coronavirus, leurs différences, leur localisation, leurs modes de transmission et les risques de franchissement des espèces, faire le point sur les mécanismes d’infection, de réplication ou encore les notions de mutation et de recombinaison. Au-delà des polémiques, le livre fait le point sur les avancées de la recherche sur ce type de maladie ainsi que sur la vaccination pour s’en protéger. Un état des lieux essentiel sur une pandémie qui a souvent été traitée davantage sur ses aspects médicaux et sanitaires que scientifiques. Une contribution majeure des scientifiques à destination du grand public qui permet aujourd’hui de mieux mesurer les risques de cette nouvelle ère pandémique et de donner aussi des clés pour s’en protéger.

Un livre cherche midi réalisé avec le CNRS, l’Institut écologie et environnement (INEE) et l’Institut national des sciences biologiques (INSB).
Ouvrage collectif sous la direction de Florence Débarre, Agnès Mignot, Serge Morand, Françoise Praz
Préface Arnaud Fontanet

Amandine Le Corf, doctorante CNRS, et Lucie Etienne, Directrice de recherche CNRS, dans l'équipe LP2L, et Olivier Terrier, chargé de recherche dans l'équipe VirPath, ont rédigé chacun un chapitre de cet ouvrage.

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David Durantel est un membre de longue date de l'ISAR et est actuellement président du Comité des finances. Il est également lauréat du prix Prusoff de l'ISAR, qui lui a été décerné en 2021. 

Toutes nos félicitations pour cette élection ! 

Pour en savoir plus sur l'ISAR...

Manuel Rosa-Calatrava (équipe VirPath) et Guy Boivin (centre de recherche du CHU Québec – Université Laval), co-directeurs de RESPIVIR, ont été honorés pour leur engagement avec leurs équipes québécoise et lyonnaise dans la recherche contre les maladies respiratoires infectieuses et dans l’application de leurs innovations via des collaborations université-industrie et la création de startups et de spin-off universitaires.

L’entente de partenariat entre nos tutelles et l’Université Laval a ainsi été formalisée avec le soutien du Ministère des Relations Internationales et de la Francophonie du Québec et du MESRI par la signature de Sophie d’Amour, rectrice de l’Université Laval, Antoine petit, pdg du CNRS et Frédéric Fleury, président de l’Université Claude Bernard Lyon 1 sous le patronage de Sylvie Retailleau, ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, et de pascale Déry, ministre de l’enseignement supérieur du Québec.

Pour plus d’informations sur RESPIVIR : https://respivir.io/

La pandémie de COVID-19 a attiré l'attention sur l'impact sanitaire, économique et social considérable des virus respiratoires dans le monde. Chaque année, les infections respiratoires aiguës font partie des trois premières causes de décès et d'invalidité chez les enfants et les adultes. Bien que la préparation à des pandémies potentielles soit nécessaire, il est aussi important de considérer l’impact négatif de la circulation virale saisonnière sur la santé. Ainsi, des efforts pour améliorer les mesures de prévention contre cette circulation virale saisonnière sont nécessaires.

Dans le cadre d'une politique globale de santé publique et de prévention des infections aux virus respiratoires, la collecte d’informations est fondamentale. Ainsi, grâce à VIRESP, plusieurs types de données seront collectés, notamment : les caractéristiques des souches virales, leur évolution et la variation saisonnière. Une attention particulière sera portée aux populations les plus vulnérables à l'infection et sur la gravité de la maladie. Ces données fournissent un support scientifique aux prises de décisions sanitaires, au développement de vaccins, aux recommandations vaccinales ou à d'autres stratégies de prévention et de traitements.

Un projet multidisciplinaire

Le projet de recherche VIRESP permettra de développer des méthodologies, des techniques et des outils afin d’analyser le risque d'infection et le taux de morbidité des maladies dans différentes populations, ainsi que de déterminer les bénéfices des programmes de vaccination.

La création de cette nouvelle chaire industrielle s’inscrit pleinement dans la stratégie partenariale public/privé de l’UCBL, des HCL et de Sanofi pour renforcer les collaborations afin de répondre aux grands défis de santé publique dans le domaine de l’infectiologie. L’Agence nationale de la recherche, qui a notamment pour missions de développer, renforcer, et diversifier les relations entre le monde académique et les entreprises, cofinancera la chaire industrielle VIRESP à hauteur d’un million d’euros sur quatre ans.

La valorisation des résultats issus de cette chaire constitue aussi un enjeu majeur pour les partenaires.

La chaire VIRESP assurera par ailleurs la supervision d’un programme de formation de haut niveau et international (Master, doctorat et post-doctorat) pour travailler sur des projets collaboratifs à dimension internationale. L’Université Claude Bernard Lyon 1 sera notamment engagée dans un programme d’échanges d’étudiants avec l’Afrique du sud.

Ce projet s'appuiera sur une équipe multidisciplinaire hautement qualifiée de chercheurs, cliniciens, épidémiologistes, méthodologistes, statisticiens et analystes. Les entrepôts de données de santé et l'expertise auprès de plusieurs partenaires aux niveaux local, national et mondial seront mobilisés afin de fournir :

1. Des outils analytiques pour mieux comprendre l’impact des virus respiratoires et l’efficacité des vaccins contre ceux-ci, ainsi que des indications pour améliorer le développement de nouveaux vaccins ;

2. Des approches sur les améliorations à apporter aux systèmes actuels de surveillance passive et active des virus dans le but de renforcer la préparation aux pandémies et d'accroître la résilience de l'industrie pharmaceutique ;

3. Des moyens d'identifier de meilleures cibles virales pour la recherche et le développement afin de mettre au point des vaccins mieux adaptés aux besoins des populations à risque ;

4. Un algorithme permettant d'identifier les menaces d’apparition de nouveaux virus et de surveiller les virus récurrents connus ;

5. Un programme de diffusion et de renforcement des capacités axé sur l'épidémiologie, la modélisation, l'analyse avancée de données et la bio-informatique.

6. Une supervision des étudiants en Master et en thèse recrutés dans le cadre de la chaire industrielle et contribuer aux programmes de formation localement et à travers le réseau des partenaires du CERP pour accélérer le transfert de connaissances obtenues grâce à ce partenariat public-privé. Cette formation a également vocation à attirer de nouveaux talents parmi lesquels des étudiants étrangers issus d’établissements prestigieux

Un écosystème unique sur les maladies infectieuses

Le Centre d'Excellence sur les Pathogènes Respiratoires (CERP) du Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), une unité de recherche exceptionnelle affiliée à l'Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), ainsi que Sanofi et les Hospices Civils de Lyon (HCL), forment un écosystème unique sur les maladies infectieuses. Ce programme ambitieux vise à positionner la France au cœur de la recherche sur les virus respiratoires et des décisions relatives à la préparation aux pandémies, ce qui lui permettra de renforcer son influence européenne et internationale sur les partenariats public-privé nécessaires pour y faire face. Grâce à ce programme de recherche multidisciplinaire et à ses fortes connexions internationales, des résultats pertinents et collaboratifs seront produits afin de maintenir l'innovation dans la recherche et de conseiller l'investissement industriel.

Lors de ce lancement officiel, les partenaires se sont réjouis de cette collaboration.

En ouverture de ce temps fort, Frédéric FLEURY a tenu à rappeler que « Viresp est la deuxième chaire industrielle obtenue par l’UCBL et les HCL sur les sept chaires lauréates en France en 2023. Ces succès témoignent à la fois de l’excellence de la recherche en santé produite par le CHU et l’Université ainsi que leur capacité à attirer des grands chercheurs internationaux comme Marta Nunes et des grands acteurs industriels comme Sanofi. Avec cette chaire industrielle qui s’inscrit dans la continuité de la dynamique insufflée par la création du CERP (Centre d’excellence sur les pathogènes respiratoires), nos institutions intensifieront encore davantage leur recherche sur les maladies infectieuses et leur expertise en vaccinologie, consolidant la position du site lyonnais considéré comme une référence internationale dans le domaine. »

Ilias ILIOPOULOS, Président du comité d’évaluation scientifique des « Chaires industrielles » de l’ANR, a déclaré que : « La chaire industrielle VIRESP, soutenue par l’ANR, illustre parfaitement l’ambition de ce dispositif spécifique de soutien à la recherche partenariale public-privé. En effet, le programme chaire industrielle poursuit un triple objectif : construire et structurer des projets de recherche collaborative dans des domaines prioritaires et stratégiques pour les acteurs publics et privés via un partenariat fort et durable ; permettre à des enseignants-chercheurs ou des chercheurs de notoriété internationale, de travailler sur un programme de recherche ambitieux, innovant et de portée industrielle ; enfin, d’accueillir et de former des jeunes scientifiques en master et doctorat ainsi que des post-doctorants. L’écosystème Lyonnais au sein duquel évoluera la chaire VIRESP offre un environnement idéal pour le succès de ce projet. Depuis 2012, l’ANR a déjà cofinancé plus d’une soixantaine de Chaires Industrielles. »

Raymond LE MOIGN, Directeur Général des Hospices Civils de Lyon a confirmé également que « L’attribution de cette chaire industrielle est une grande réussite pour le Centre d’Excellence des Pathogènes Respiratoires (CERP), créé il a seulement un an et demi collaboration avec Sanofi et l’Université Claude Bernard Lyon 1. Ce financement, et la confiance témoignée par l’ANR dans cette chaire industrielle VIRESP, permettra de mener un programme de recherche très ambitieux dans le domaine de l’infectiologie qui est au cœur de la stratégie des Hospices Civils de Lyon. C’est une nouvelle illustration de la force des HCL et de l’écosystème lyonnais à déployer des partenariats public -privé originaux au service de la recherche en santé. »

« Nous sommes ravis de collaborer à la création de la chaire VIRESP. Ce projet de recherche s’inscrit pleinement dans la volonté de Sanofi de renforcer notre contribution en matière de santé publique et notre contribution dans la prévention des maladies respiratoires. », déclare pour conclure Bogdana COUDSY, Directrice médicale Sanofi Vaccins.

Nous vous invitons à découvrir le communiqué de presse complet.

Retrouvez cette actualité sur le site de l'Université Lyon 1.

Texte : Université Claude Bernard Lyon 1

La journée mondiale des maladies rares

La Journée des maladies rares est le mouvement mondial coordonné sur les maladies rares, qui œuvre pour l'équité en matière d'opportunités sociales, de soins de santé et d'accès au diagnostic et aux thérapies pour les personnes atteintes d'une maladie rare.
Depuis sa création en 2008, la Journée des maladies rares a joué un rôle essentiel dans la constitution d'une communauté internationale des maladies rares qui est multi-maladies, mondiale et diversifiée, mais unie dans ses objectifs.
La Journée des maladies rares est célébrée chaque année le 28 février (ou le 29 dans les années bissextiles) - le jour le plus rare de l'année.
La Journée des maladies rares a été créée et est coordonnée par EURORDIS et plus de 65 associations nationales de patients partenaires. La Journée des maladies rares est une source d'énergie et un point de convergence qui permet au travail de sensibilisation aux maladies rares de progresser aux niveaux local, national et international.

Pour en savoir plus...

La recherche autour des maladies rares au CIRI

Au CIRI, 2 équipes travaillent sur les maladies rares auto-immunes et auto-inflammatoires : 

• L'équipe LYACTS (T. Walzer), rattachée au centre de référence RAISE via Alexandre Belot.
• L'équipe IB2A (T. Henry), rattachée au centre de référence CéRéMAIA via Yvan Jamilloux.
   

Ces équipes sont rattachées à la filière FAI²R,  filière de santé pour les maladies auto-immunes et auto-inflammatoires rares. La filière est financée et pilotée par le Ministère chargé de la santé. FAI²R permet de fédérer les ressources et expertises dans le but de faciliter le parcours de soin, le diagnostic et la prise en charge des patients adultes et pédiatriques.

Ces équipes étudient notamment le lupus à début pédiatrique, la fièvre méditerranéenne familiale et le syndrome ROSAH.

Un grand merci aux cliniciens qui travaillent sur les maladies rares, et aux patients et patientes ! 

Les prix remportés 

Cette cérémonie célébrait le 13 décembre dernier la contribution exceptionnelle des membres de la communauté universitaire au rayonnement de l’Université Claude Bernard. Le Laboratoire International Associé RESPIVIR France – Canada, créé par Manuel Rosa-Calatrava, co-directeur de l'équipe VirPath, avec l’équipe de Guy boivin à l’Université Laval, a été sélectionné à l’AAP ETOILES 2023 qui soutient l’excellence en recherche et innovation, en relation avec les axes stratégiques de l’établissement. Ce soutien de l'UCBL1 à la dynamique internationale de la recherche de VirPath, via l'obtention d'une allocation de thèse, complète en synergie les financements de l'Université Laval, du CNRS (IRP2023) et de la Région Auvergne-Rhône-Alpes (Pack Ambition International).

L’équipe de Manuel Rosa-Calatrava a également reçu le prix Innovation pour sa contribution exceptionnelle à la valorisation de l'innovation via son implication dans de nombreux partenariats R&D public-privé, la constitution d’un portefeuille de brevets et l’essaimage de sociétés de biotechnologie et de services technologiques innovants. Basé sur une recherche intégrée fondamentale et translationnelle, la politique d’innovation et de valorisation de l’équipe est portée par sa plateforme de recherche technologique Virnext et accompagnée par les filiales l’université Ezus Lyon et Lyon Ingénierie Projet ; elle vise à créer de la valeur scientifique, médicale, économique et sociétale et s’inscrit dans la démarche de souveraineté nationale et européenne des moyens de protection contre les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes.

le programme de recherche du laboratoire international associé respivir france -canada 

Le CNRS biologie a sélectionné le programme de recherche du Laboratoire International Associé RESPIVIR France – Canada (Université Claude Bernard Lyon 1 – Université Laval) dans le cadre de l'appel à projet International Research Program 2023 (IRP).

Associant l'Université Laval et l’Université Claude Bernard, RESPIVIR a été créé par Manuel Rosa-Calatrava (VirPath, Centre International de Recherche en Infectiologie) et Guy Boivin (LVMC, Centre de recherche du CHU Québec - Université Laval) pour mener une recherche intégrée fondamentale, translationnelle médicale et appliquée sur les virus respiratoires émergents et ré-émergents. S’inscrivant dans la dynamique du comité mixte franco-canadien (CMFC) sur la science, la technologie et l'innovation, RESPIVIR participe à la structuration et au renforcement du lien stratégique international entre la France et le Canada, et particulièrement entre la province de Québec et notre région Auvergne-Rhône-Alpes.

C'est une très belle reconnaissance des savoir-faire et de la dynamique de recherche à l'international de l’équipe de Manuel Rosa-Calatrava au sein du CIRI, et nous en sommes très honorés et très fiers. Le financement du CNRS complète ceux de l'Université Laval, de l'UCBL1 (ETOILE 2023) et de la Région Auvergne-Rhône-Alpes (AAP Ambition International).

Pour en savoir plus

Évènement de valorisation du Laboratoire International Associé France-Canada RespiVIR

L'innovation à Lyon 1 mise à l'honneur

© :Eric Le Roux / Direction de la communication Université Lyon 1

En avril 2020, une forme particulière de choc associé à une myocardite et une inflammation systémique était identifiée chez les enfants, se manifestant suite à une infection à SARS-CoV2. Ce phénomène a été nommé syndrome inflammatoire multi-systémique de l’enfant (PIMS ou MIS-C) et a été considéré comme une nouvelle entité clinique. Il s’agit de la forme la plus sévère de maladie associée au SARS-CoV-2 survenue chez l’enfant.

Ce syndrome apparaissait environ 4 semaines après un COVID-19, le plus souvent asymptomatique, dans environ un cas pour 10 000 infections chez l’enfant au moment des premières vagues. Ayant touché près de 1100 enfants en France, l’incidence a désormais chuté et les PIMS sont devenus très rares actuellement.

En 2021, l’équipe du Pr Alexandre Belot¹, pédiatre à l’Hôpital Femme Mère Enfant (HFME) des Hospices civils de Lyon et chercheur au Centre International de recherche en Infectiologie (CIRI – Inserm/CNRS/ENS de Lyon/Université Claude Bernard Lyon 1) avait découvert un marqueur de la maladie correspondant à une activation spécifique d’une famille de globules blancs.

Dans une nouvelle étude publiée dans le New England Journal of Medicine, la même équipe a pu retracer, avec l’aide de collaborateurs internationaux, des cas de cette maladie survenus avant 2019, non liés à SARS-CoV2. Cette maladie non identifiée à l’époque était souvent confondue avec le choc toxinique infectieux, ou maladie de Kawasaki, dans sa forme avec choc.

« Nous avons initialement étudié plus d’une centaine d’enfants hospitalisés à Lyon en réanimation entre 2006 et 2018 pour un choc avec hypotension et inflammation. Nous avons eu la surprise de retrouver le marqueur des PIMS chez 3 enfants. En reprenant les symptômes de ces enfants nous avons découvert qu’ils correspondaient exactement à la présentation des MIS-C décrits en 2020 avec le COVID-19 » rapporte le Pr Belot. Avec plus de 13 ans de recul pour certains cas, ces enfants n'ont pas présenté de récidive et n'ont pas manifesté de symptômes  otables pendant la pandémie COVID.

Au total, six cas de PIMS/MIS-C ont été recensés depuis 2010, dont deux suggérant une infection antérieure par d'autres coronavirus (y compris saisonniers), soulevant l’hypothèse d’un rôle plus général des coronavirus dans les  manifestations inflammatoires post-infectieuses.

Ce syndrome peut donc se manifester en l’absence du virus SARS-CoV-2, élargissant notre compréhension des maladies  inflammatoires pédiatriques. Ces travaux permettent d’envisager une prise en charge plus précoce des enfants, nous incitant également à porter une vigilance particulière à ce syndrome en cas de nouvelles épidémies d’infections respiratoires, notamment à Coronavirus.

1 Équipe Activation et transduction du signal dans les lymphocytes (LYACTS) du CIRI

Source
Pre-COVID-19 and SARS-CoV-2-negative cases of Multisystem Inflammatory Syndrome in Children
Benezech S°, Khoryati L°, Cognard J, Netea S, Khan T, Moreews M, Saker K, De Guillebon JM, Khaldi-
Plassart S, Pescarmona R, Viel S, Malcus C, Perret M, Ar Gouilh M, Vabret A, Venet F, Remy S, Chopin E,
Lina G, Vandenesch F, Rousseaux N, Bastard P, Zhang SY, Casanova JL, Trouillet-Assant S, Walzer T,
Kuijpers T, Javouhey E, Dauwalder O, Marr N, Belot A. N Engl J Med (2023).
Doi : 10.1056/NEJMc2307574

Contact scientifique
Alexandre Belot, Professeur de pédiatrie à l’Université Claude Bernard Lyon 1 et praticien hospitalier aux
hospices civils de Lyon (PUPH), membre du CIRI & HFME
alexandre.belot@chu-lyon.fr | tel : +33 (0)4 27 85 61 26

Qu'est-ce que le PEPR MIE ? 

L'appel à projet PEPR MIE (programme et équipements prioritaires de recherche concenant les maladies infectieuses émergentes) est piloté par l'Inserm à travers l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes. Il s'inscrit dans le plan Innovation santé 2030 (France 2030), qui vise à renforcer la préparation et la capacité de réponse française et européenne si une nouvelle crise sanitaire venait à se produire. Il relève d'une approche "One Health" et finance donc des projets interdisciplinaires, avec une enveloppe totale de 22 millions d'euros.

Les objectifs sont triples. Il s'agit de mieux comprendre les phénomènes d'émergence ou de réémergence de maladies infectieuses, afin de développer des outils de diagnotic, de protection ou de traitement. Par ailleurs, un axe se concentre sur la mise en place de politiques de santé fondées sur les évidences scientifiques et adaptées au contexte spécifique de la crise. 

Le PEPR MIE se décline en trois volets :

• Volet 1 : Accélérer l’acquisition de connaissances fondamentales sur les maladies infectieuses émergentes
• Volet 2 : Promouvoir l’innovation et développer de nouveaux traitements, vaccins et autres outils de prévention, diagnostics et outils de surveillance pour les maladies infectieuses émergentes
• Volet 3 : Permettre aux politiques publiques et à la société de faire face aux crises épidémiques

Les projets lauréats en 2023 impliquant le ciri

Trois projets coordonnés par des chercheurs du CIRI

Thomas HENRY (Inserm, équipe I2BA) coordonne le projet Ft6SS-Méca (volet 1). 

Le projet Ft6SS-Meca étudiera la structure, les mécanismes moléculaires de sécrétion et la fonction des effecteurs du système de sécrétion (T6SS) de la bactérie Francisella tularensis (agent de la menace). Les résultats attendus pourraient conduire à identifier à long terme de nouveaux traitements ciblant spécifiquement ce système de sécrétion, facteur clé de virulence.

Sylvain BAIZE (Institut Pasteur, équipe UBIVE) coordonne le projet COPAFLICT (volet 1). 

Le projet COPAFLICT a pour objectif d’améliorer les connaissances fondamentales sur les fièvres hémorragiques virales et offrir de nouvelles perspectives pour leur diagnostic et leur traitement. Pour ce faire, il étudiera l’immunopathogénèse associée à virus de la fièvre Lassa (fièvre hémorragique foudroyante), pour identifier les voies immunitaires d’intérêt pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant la réponse de l’hôte.

Alexandre GAYMARD (HCL, équipe VirPath) coordonne le projet VORTEX (volet 2). 
Sophie JARRAUD (HCL, équipe LegioPath) et Sophie TROUILLET-ASSANT (HCL, équipe VirPath) font également partie du consortium autour du projet VORTEX.

Le projet VORTEX a pour objectif de mettre au point une méthode de diagnostic non invasive sur la base des résultats de l’analyse de l’air expiré par les patients. Il vise à identifier des signatures de composés organiques volatils spécifiques d’un pathogène ou de la réponse immunitaire de patients afin d’améliorer la prise en charge et la surveillance des infections respiratoires émergentes.

Trois projets impliquant des chercheur.ses CIRI dans leur consortium

Oliver TERRIER (ENS de Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, équipe VirPath) fait partie du consortium autour du projet 3D-LUNGO (volet 1).

Coordonné par Lisa CHAKRABARTI (Institut Pasteur), ce projet a pour objectif de fournir des modèles tissulaires en 3D, à partir de l’étude de la susceptibilité des muqueuses nasales ou bronchiques et des alvéoles pulmonaires aux virus respiratoires, pour tester rapidement et de façon collaborative les lésions que pourraient induire des pathogènes respiratoires nouvellement apparus.

Bruno LINA (Institut des Agents Infectieux, HCL – Hopital de la Croix-Rousse, équipe VirPath) fait partie du consortium autour du projet SISP&EAU (volet 1).

Coordonné par Pierre-Yves BOELLE (Institut Pierre Louis d’Epidemiologie et de Santé Publique, Sorbonne Université), ce projet a pour objectif de construire et de valider un modèle de surveillance des virus respiratoires en France intégrant les cas cliniques et les eaux usées. Il mettra en place la détection et le suivi des souches virales causant des infections respiratoires pour caractériser la dynamique de circulation des virus en population générale. Il pérennisera les outils technologiques, mathématiques et informatiques développés pour la surveillance épidémiologique durant la pandémie COVID-19.

Cyrille Mathieu (CIRI Centre International de Recherche en Infectiologie, Inserm, CNRS, ENS Lyon, Univ. Claude Bernard Lyon 1, groupe NITROVIRE), Pierre-Olivier VIDALAIN (Inserm, CNRS, ENS, Université Claude Bernard Lyon 1, équipe VIRIMI) et Vincent LOTTEAU (Inserm, équipe VIRIMI) font partie du consortium autour du projet NIPAH-LISA (volet 2).

Coordonné par Sonia LONGHI (Aix Marseille Université, CNRS), ce projet porte sur les infections aéroportées de virus de la famille des Paramyxovirinae hautement pathogènes (dont le virus Nipah) et vise à mettre au point un traitement antiviral multi-composants contre ces infections.

Félicitations à tous les lauréat.es ! 

Retrouvez plus d'informations et la liste de tous les projets lauréats sur le site de l'ANRS.

Source : ANRS.fr

The PHE3ID/CERP research team has been awarded with one of the first Projets d’Amorçage supported by SHAPE-Med@Lyon.

The proposed project “EASIER-COHORT: ExtrAction of Symptoms from electronIc hEalth Records to create automatic COHORTs” is among the 10 selected projects and will be developed during 2 years in collaboration with the team of Prof Angela Bonifati at LIRIS.

EASIER-COHORT aims at developing natural language processing (NLP) techniques to retrieve automatically unstructured information from patients’ records, such as symptoms and comorbidities, to address epidemiological questions.

The first projects will be focussed on viral respiratory infections especially for detection, diagnosis and outcome in hospitalized patients. Results will be helpful for education, prevention, including vaccine, and improvement of care in patients at risk of such infections.

https://www.shape-med-lyon.fr/actualites/le-projet-shape-medlyon-devoile-les-10-laureats-de-son-appel-a-projets-damorcage/

La pandémie de COVID-19 a montré l'impact dévastateur d'une maladie infectieuse jusqu’alors inconnue. L’absence de moyens préventifs et d’option de traitement a largement aggravé cette crise. Trois ans après, le bilan pour nos sociétés est lourd, avec des répercussions dans le monde entier.

Plus que jamais, l’impact de l’émergence de nouveaux virus, notamment respiratoires, constitue une préoccupation majeure de santé publique. Or, l'émergence des maladies virales devrait s’accélérer en raison, entre autres, du changement climatique.

C’est dans l’optique de mieux faire face à ces émergences potentielles que s’est constituée la chaire industrielle REVIDA (infections REspiratoires VIrales - du DiAgnostic au Pronostic), portée par Dr Sophie Trouillet-Assant (UCBL/HCL).

Hebergée à l’Université Claude Bernard Lyon 1 et travaillant au sein du laboratoire mixte HCL/UCBL/bioMérieux, elle combinera les efforts du Centre international de recherche en infectiologie (CIRI – CNRS/Inserm/Université Claude Bernard Lyon 1/ENS de Lyon), des Hospices Civils de Lyon et de bioMérieux pour proposer de nouvelles solutions diagnostiques efficaces et innovantes et améliorer ainsi la prise en charge des patients atteints d'infections respiratoires.

L’objectif est bien d'identifier plus rapidement les sujets souffrant d'infections virales, quel que soit le virus, afin d'être plus réactifs en cas de nouvelle pandémie et d’avoir des outils pour prédire rapidement les sujets à risque de développer une forme grave de la maladie et ainsi améliorer la prise en charge des patients.

Dans cette optique, le projet ambitieux et innovant de la chaire REVIDA étudiera la réponse immunitaire des patients infectés pour mettre au point de nouveaux outils diagnostiques et pronostiques rapides des infections virales respiratoires sans recherche systématique de l’agent pathogène.

Nous vous invitons à découvrir le communiqué de presse complet.

Retrouvez cette actualité sur les sites de l'Université Claude Bernard Lyon 1 et des Hospices Civils de Lyon.

Texte : Béatrice DIAS, Directrice de la communication de l'Université Claude Bernard Lyon 1

Photo à la une : Lancement de la chaire Revida, de gauche à droite : Jérôme Honnorat, Vice-président recherche délégué secteur "Santé" de l’UCBL, Ilias Iliopoulos, président référent du comité « chaires industrielles » de l’ANR, Frédéric Fleury, président de l’Université Claude Bernard Lyon 1, Aurore Fleurie, Senior Manager R&D bioMérieux, Coresponsable de l’unité mixte HCL-UCBL-bioMérieux, Sophie Trouillet-Assant, chercheuse au CIRI, responsable de l’unité mixte HCL-UCBL-bioMérieux, Alexandre Pachot, Directeur de la Recherche en Santé chez HCL, François Lacoste, Directeur Exécutif Recherche & Développement chez bioMérieux, Bruno Lina, chef de service laboratoire de virologie, directeur du CNR des virus respiratoires, François-Loic Cosset, directeur du CIRI 

Chaque année, le Sidaction organise une visite de laboratoire pour ses donateurs et donatrices. Une équipe de recherche est sollicitée pour ouvrir ses portes et ainsi faire découvrir le monde de la recherche, particulièrement autour du VIH. Cette année, c'est le CIRI et l'équipe LP2L qui ont accueilli dans leur laboratoire des donateurs et donatrices de la région lyonnaise, ce jeudi 12 octobre. 

Présentation d'un projet de recherche par Alexandre Legrand. Crédit photo : Sidaction

La soirée a débuté avec de courtes présentations du Sidaction par Jennifer Pasquier, puis de l'ENS de Lyon et du CIRI par Andrea Cimarelli. Lucie Etienne a ensuite présenté la recherche autour du VIH menée par l'équipe LP2L. Pour terminer cette phase introductive, un doctorant, Alexandre Legrand, et une doctorante, Charlotte Vadon, ont présenté leurs projets de recherche en cours au laboratoire. 

Visite de laboratoire et démonstration de manipulation sous PSM, par Amandine Le Corf, Rémi Demeure et Séverine Deymier. Crédit photo : Sidaction

Les donateurs et donatrices ont pu ensuite découvrir plus en pratique les laboratoires. Les membres de l'équipe LP2L se sont impliqués pour leur faire visiter les locaux, et même les faire manipuler. Au programme, découvertes des labos P2 et P3, de la partie bioinformatique, extraction d'ADN de banane, et découverte d'outils de pointe comme le FACS et le microscope confocal à fluorescence. Cette initiative a été rendue possible grâce à la collaboration de la plateforme de cytométrie en flux et du PLATIM de la SFR BioSciences. 

Les membres de l'équipe LP2L rapportent l'enthousiasme des visiteurs au cours de ces visites de laboratoires. Ce temps d'échange s'est poursuivi autour d'un cocktail et de quelques posters de recherche. Les donateurs et donatrices ont ainsi pu poser toutes leurs questions aux étudiant.e.s, ingénieures, et chercheur.se.s. 

A l'issue de cette soirée, il est clair que c'était une réussite ! Les visiteurs ont fait des retours très positifs. Très impliqués, ils avaient de nombreuses questions, notamment à propos des traitements. Ils ont également précisé qu'ils "ne s'imaginaient pas les labos comme ça", signe de l'utilité de ces rencontres public - recherche. Pour l'équipe, c'était également une expérience très positive. Selon Lucie Etienne, ce genre de rencontres donne du sens aux métiers de la recherche et permet un moment de partage avec le public mais aussi au sein de l'équipe. L'enthousiasme, le professionnalisme et l'implication des jeunes membres de l'équipe a été souligné, par les donateurs et donatrices, l’équipe du Sidaction, et par le reste de l'équipe. 

L'équipe LP2L. Crédit photo : Sidaction

Cette équipe entretenait déjà un lien fort avec le Sidaction. Andrea Cimarelli et Lucie Etienne ont bénéficié de soutiens financiers du Sidaction à des moments clés de leur carrière. Actuellement, le Sidaction finance un projet de 24 mois qui concerne 5 membres de leur équipe, ainsi que le poste d'Alexandre Legrand (doctorant) sur 4 ans. En retour, l'équipe contribue à l'action du Sidaction. Andrea Cimarelli a fait partie du Comité médical et scientifique de cette organisation, et Lucie Etienne en fait partie actuellement. Elle a par ailleurs écrit un article pour le magazine du Sidaction, Transversal, à propos de la place des femmes dans la science et la recherche. Cette visite de laboratoire vient donc renforcer cette association de longue date, et ouvrir la voie à d'autres potentielles collaborations futures.

À Paris se déroule aujourd'hui et demain la 23e rencontre du Réseau National Hépatites virales organisée par l'AC42 de l'ANRS | Maladies infectieuses émergantes. François-Loïc COSSET, Directeur d'Unité du CIRI et Président de l'AC42 a ouvert cet événement.

Pendant 2 jours vont se succéder des sessions de présentations et de discussions, des invités et des remises de prix. Parmis les intervenants, il faut compter sur les membres du CIRI des équipes EVIR et HepVir !

Cette rencontre doit permettre de créer du dialogue entre les chercheurs et les médecins cliniciens autour des dernières avancées françaises en matière de recherche fondamentale et translationnelle sur les hépatites virales. C'est l'occasion de créer du lien entre la recherche clinique et la recherche fondamentale.

Retrouvez le programme complet en ligne ici.

Une retransmission en direct est accessible ici.

Télécharger le communiqué de presse

Voir l'article en ligne : CNRS / Inserm

Résumé

Une grande partie de la population a développé une immunité contre le SARS-CoV-2 suite à une infection et/ou à la vaccination. En outre, certains patients infectés bénéficient d'une immunité dite « hybride » lorsqu’ils ont été vaccinés après leur épisode infectieux. Des scientifiques de l’Inserm, du CNRS, de l’Université Claude-Bernard Lyon 1 et de l’ENS de Lyon au sein du Centre international de recherche en infectiologie (CIRI) cherchent à caractériser l’empreinte laissée par l’exposition au SARS-CoV-2 par la vaccination ou par la combinaison des deux événements sur la mémoire immunitaire. L’objectif ? Mieux appréhender les mécanismes de la réponse immunitaire face au virus afin d’améliorer la prise en charge des patients et d’optimiser les stratégies vaccinales. Dans une nouvelle étude, les scientifiques ont comparé la mémoire immunitaire d’individus convalescents, vaccinés ou non contre le SARS-CoV-2, avec celle induite par la vaccination chez des individus vaccinés n’ayant jamais été́ infectés par le virus. Leurs résultats montrent que les personnes vaccinées après une infection sont les mieux protégées d’une réinfection par le SARS-CoV-2. L’article complet est publié dans la revue Science Translational Medicine.

L'article 

Prior SARS-CoV-2 infection enhances and reshapes spike protein-specific memory induced by vaccination
Veronique Barateau, Loic Peyrot, Carla Saade, Bruno Pozzetto, Karen Brengel-Pesce, Mad-Helenie Elsensohn, Omran Allatif, Nicolas Guibert, Christelle Compagnon, Natacha Mariano, Julie Chaix, Sophia Djebali, Jean-Baptiste Fassier, Bruno Lina, Katia Lefsihane, Maxime Espi, Olivier Thaunat, Jacqueline Marvel, Manuel Rosa-Calatrava, Andres Pizzorno, Delphine Maucort-Boulch, Laetitia Henaff, Mitra Saadatian-Elahi, Philippe Vanhems, Stéphane Paul, Thierry Walzer, Sophie Trouillet-Assant, and Thierry Defrance
Science Translational Medicine, 15 mars 2023
DOI: 10.1126/scitranslmed.ade0550

Les équipes du CIRI impliquées

• NOPAB 
• VirPath
• GIMAP
• ICL
• PHE3ID
• LYACTS
• Service BIBS

"Comprendre le rôle pathogène de la protéine d'enveloppe HERV-W et développer de nouveaux marqueurs pronostiques et des cibles thérapeutiques pour un traitement personnalisé des syndromes associés au COVID-19".

Tels sont les objectifs d'un projet impliquant des chercheurs de 5 pays européens. Cette étude a déjà apporté des preuves de l'induction d'une protéine spécifique au cours de la maladie COVID-19. De nouvelles informations pour guider la médecine prédictive et personnalisée pourraient être obtenues dans un avenir proche grâce à cette découverte.

LE PROJET

HERVCOV est financé par la Commission européenne à hauteur de 6,8 M€ et réunit des centres de recherche, des entreprises et des associations de Croatie, France, Grèce, Italie et Espagne.

L'étude derrière HERVCOV est axée sur la protéine HERV-W-ENV, une molécule induite pendant l'infection par le SRAS-CoV-2, qui est présente à des niveaux élevés dans le sang des patients atteints de COVID-19 sévère et a été associée aux troubles dits "COVID longs".

Les rétrovirus endogènes humains (HERV) représentent environ 8 % du génome humain et leurs copies d'ADN ont été insérées après des infections rétrovirales des cellules germinales qui se sont produites principalement il y a des millions d'années. La majorité de leurs séquences sont épigénétiquement réduites au silence et/ou présentent des mutations perturbant leur potentiel de codage. Cependant, certaines copies de HERV peuvent être activées par différents stimuli tels que des infections virales, et produire des protéines rétrovirales pathogènes comme HERV-W ENV.  Cette protéine pathogène est connue pour contribuer à l'apparition et à la progression de plusieurs maladies inflammatoires et neurologiques. Pendant la pandémie de COVID-19, nous avons été témoins de l'activation de l'expression de cette protéine dans les lymphocytes sanguins et dans les poumons de patients qui sont ou ont été infectés par le SRAS-CoV-2.

LES OBJECTIFS DU PROJET

Depuis 2019, plus de 500 millions d'infections au SRAS-CoV-2 ont été enregistrées, causant plus de 6 millions de décès dans le monde (source " Our World Data ", mai 2022). Bien que la plupart des symptômes graves semblent atténués à ce stade de la pandémie, de nombreuses études ont démontré des effets à long terme chez les patients guéris, affectant leur système neurologique, gastro-intestinal, cardiocirculatoire et même leur santé mentale.

Le projet HERVCOV vise à étudier l'effet de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur l'activation des HERV et la pathologie qui en résulte chez les patients atteints de COVID-19. Cette étude pourrait également offrir des perspectives importantes pour d'autres maladies apparentées en étudiant les réponses de l'hôte dans différents contextes. Grâce à ces études, nous serons en mesure, dans un avenir proche, de proposer des approches de soins de santé spécifiques basées sur l'analyse des biomarqueurs, des symptômes et de la progression de la maladie, et adaptées à une médecine personnalisée et de précision. L'identification des facteurs critiques et des réponses immunitaires personnalisées pour chaque personne conduira à des interventions thérapeutiques spécifiques et à des stratégies de vaccination adaptées.

LES PARTENAIRES

Le projet HERVCOV est financé par une subvention dans le cadre de l'appel HORIZON-HLTH-2021-DISEASE (« Personalised medicine and infectious disease : understanding the individual host response to viruses ») de la Commission Européenne dans le cadre du programme-cadre Horizon Europe. Le projet est coordonné par l'Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (France) et réunit 8 autres partenaires : Ethniko Kai Kapodistriako Panepistimio Athinon (Grèce), Université de Rome Tor Vergata (Italie), Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud (Espagne), ), Fundación Agencia Aragonesa para la Investigación y el Desarrollo (Espagne), GeNeuro Innovation SAS (France), Inserm Transfert (France), Klinicki Bolnicki Centar Rijeka (Croatie) et Frascati Scienza (Italie).

Ce projet est financé par le programme de recherche et d'innovation Horizon Europe de l'Union européenne, sous la convention de subvention n° 101057302.

La résistance aux antibiotiques rend aujourd’hui intraitables certaines infections parfois communes, comme les infections urinaires et respiratoires, représentant un recul majeur dans la prise en charge médicale des patients humains mais également animaux. Cette résistance est ainsi devenue un enjeu majeur de santé, qui a conduit l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé) à établir une liste de bactéries chez qui la résistance aux antibiotiques est particulièrement préoccupante. Dans une nouvelle étude publiée dans la revue mBio, nous nous sommes intéressés à l’une de ces bactéries particulièrement résistantes aux antibiotiques, Acinetobacter baumannii. Cette dernière est responsable de nombreuses infections opportunistes et nosocomiales. Nous avons ont déterminé les mécanismes permettant à cette bactérie de rapidement acquérir des gènes de résistance à partir de bactéries voisines.

La bactérie Acinetobacter baumannii est responsable d’infections opportunistes (infections causées par des germes habituellement peu pathogènes mais qui provoquent des infections chez les personnes ayant un système immunitaire déficient) et parfois nosocomiales (acquises à l’hôpital). Les infections à A. baumannii ne sont pas très fréquentes mais très difficilement traitables. On observe même des cas de résistance aux antibiotiques de dernier recours, à large spectre, appelés carbapénèmes.
La résistance à plusieurs antibiotiques (multirésistance), lorsqu’elle concerne les carbapénèmes, a conduit l’OMS à classer les souches d’A. baumannii comme des souches prioritaires à étudier pour la recherche de nouveaux antibiotiques.

Depuis une décennie, plusieurs analyses de génomes (ADN) de souches multirésistantes d’A. baumannii indiquaient que les gènes de résistance, parfois nombreux, pouvaient être acquis à partir d’autres bactéries de la même espèce voire d’espèces différentes. Le phénomène biologique à l’origine de ces événements de transfert de gènes restait à déterminer. L’étude co-portée par Maria-Halima Laaberki, maître de conférences à VetAgro Sup et Xavier Charpentier, directeur de recherche à l’Inserm, chef d'équipe au Centre international de recherche en infectiologie de Lyon (CIRI, CNRS/École normale supérieure de Lyon/INSERM/Université Claude Bernard Lyon 1), révèle les conditions dans lesquelles ces évènements de transfert se produisent. En effet, ils démontrent qu’une bactérie sensible à un antibiotique est capable en moins de 4 heures d'acquérir les résistances d'une bactérie voisine, dont la résistance aux carbapénèmes.

Ce transfert actif, appelé transformation naturelle (découvert en 1928 par Frederick Griffith chez le pneumoccoque et, depuis, chez de nombreuses bactéries), se produit chez la bactérie réceptrice, qui est capable de capter et d'incorporer dans son génomes l'ADN des bactéries voisines.

Ce transfert est extrêmement efficace et obtenu à partir d'infimes quantités d'ADN naturellement libérées par les bactéries résistantes voisines.

Pour obtenir ces résultats, l’équipe de recherche a mis en œuvre des techniques de génétique bactérienne conventionnelles et basées sur le séquençage de génomes. Cette dernière approche, utilisée ici comme une méthode de cartographie des évènements de transfert, a permis de révéler que cette bactérie est capable d’acquérir plus de 80 gènes lors d’un seul événement de transfert. En quelques heures, A. baumannii peut ainsi modifier plus de 3 % de son génome, lui conférant la capacité de résister à nombreuses classes d’antibiotiques.

Ces résultats permettent de mieux comprendre comment ce pathogène accumule la résistance aux antibiotiques. En lien direct avec les problématiques de santé publique, l’équipe poursuit actuellement ses recherches et travaille à déterminer dans quel milieu cette résistance est acquise et comment anticiper l’apparition de nouvelles résistances.

Cette publication présente une partie du travail de thèse universitaire d’Anne-Sophie Godeux sur l’émergence de la résistance chez A. baumannii, co-financée par VetAgro Sup et le LabEx ECOFECT supervisée par Maria-Halima Laaberki.

Auteurs : Anne-Sophie Godeux, Elin Sveldhom, Samuel Barreto, Anaïs Potron, Samuel Venner, Xavier Charpentier, Maria-Halima Laaberki

Publication en accès libre (open access) : https://doi.org/10.1128/mbio.02631-21

Communiqué de presse complet à lire ici

Ce prix est destiné à soutenir des travaux de recherche biomédicale sur les maladies ostéoarticulaires. Il récompense cette année le Pr Alexandre Belot, qui dirige l'unité de rhumatologie pédiatrique de lhôpital Femme Mère Enfant de Bron. Alexandre Belot est PU-PH UCBLI/HCL, il effectue ses travaux de recherche au CIRI dans l'équipe LYACTS dirigée par Thierry Walzer, où il étudie en particulier les mécanismes moléculaires impliqués dans des maladies auto-immunes rares, comme le lupus. 

En savoir plus sur tous les prix remis par la Fondation pour la Recherche Médicale en 2021. 

Des scientifiques français montrent qu’une primovaccination avec un vaccin différent (AstraZeneca/Pfizer) serait plus efficace qu’une vaccination avec deux vaccins identiques (Pfizer/Pfizer). Ces résultats majeurs sont maintenant publiés dans la revue internationale de premier rang "Nature". Des chercheur des HCL, de BioMérieux et de 6 équipes du CIRI se sont impliqués dans cette étude: GIMAP, NOPAB, EVIR, ICL, LYACTS et VirPath. 

Voir le communiqué de presse des HCL

Lien vers l'article: https://www.nature.com/articles/s41586-021-04120-y