Le laboratoire compte plus de 450 chercheurs, étudiants et ingénieurs. Il est dédié à la recherche fondamentale et translationnelle en immunologie, bactériologie, virologie et épidémiologie. C’est un acteur majeur au niveau national et international qui est fortement ancré dans l’écosystème local, académique, hospitalier et industriel spécialisé dans l’étude, le dépistage et le traitement des maladies infectieuses et/ou immunitaires. La stratégie de recherche du CIRI tient compte des enjeux de santé publique définis par la feuille de route de l’OMS (R&D Blueprint), laquelle inclue les maladies infectieuses majeures ou émergentes.

spécialités 

Immunologie. En plus d’étudier la réponse immunitaire aux infections virales et bactériennes, le CIRI s’intéresse aux dysfonctionnements du système immunitaire : allergies, maladies auto-immunes et auto-inflammatoires. Ses équipes travaillent à comprendre les mécanismes fondamentaux des réponses immunitaires. Cette compréhension est particulièrement importante dans le contexte du développement des immunothérapies contre le cancer et certaines infections. 

Bactériologie. La lutte contre le fléau que représente la résistance aux antibiotiques nécessite une meilleure compréhension des infections bactériennes. Les équipes du CIRI y contribuent en étudiant notamment les facteurs de virulence bactériens, le transfert d’éléments génétiques entre les bactéries, la réponse immunitaire innée aux infections bactériennes et les caractéristiques propres aux souches cliniques qui déterminent les pathologies développées par les patients et leur évolution.

Virologie. La force du CIRI est la grande diversité des pathogènes qui y sont étudiés : des virus émergents hautement pathogènes aux virus responsables d’infections aiguës ou chroniques, pour certains d’entre eux responsables de cancers. Ils sont étudiés à toutes les échelles : de la biologie cellulaire fondamentale au développement et à l’utilisation de modèles in vivo appropriés pour comprendre les maladies qu’ils causent chez l’Homme.

Un centre de recherche dynamique et international

   personnes. 
 

 
   équipes de recherche, et 2 groupes junior. Découvrez ces équipes et leurs thématiques de recherche.
 

  sites de recherche. Le CIRI est présent dans Lyon (Bio-district de Gerland, proximité des hôpitaux Lyon Sud, Rockefeller et de la Croix-Rousse) et à Saint-Etienne.
  Voir les localisations.

 plateformes technologiques en milieux confinés (plateforme Plexmico et EquipEx+ InfectioTron, ainsi que le laboratoire P4 Inserm).

Elles ont été conçues pour étudier des pathogènes issus de la clinique ou de la faune sauvage dans des modèles précliniques infectieux. Cela favorise les découvertes scientifiques et cliniques et permet des innovations en diagnostic, vaccin ou biothérapies. Le CIRI est ainsi un partenaire privilégié de nombreux industriels de la pharma au-delà de l’écosystème lyonnais, avec deux chaires industrielles créées en 2023.

Un centre d'innovation

  brevets déposés sur 2025-2020, dont 13 avec licence.
 

  start-ups issues des recherches menées au CIRI. 
  VirHealth, Signia Therapeutics, Vaxxel, VirexpR, AIR Biotech, Enyopharma, Hormae Pharma

Dans le domaine du diagnostic, grâce aux Centres Nationaux de Références (CNRs) qu’ils portent, les chercheurs, épidémiologistes et cliniciens du CIRI ont découvert la souche de virus Ebola sévissant en Guinée en 2015 et ont fortement contribué à répertorier et étudier les variants du SARS-CoV-2 dès le début et au plus fort de la crise. Avec le soutien de l’État, de la Région AURA et de l’Europe, le CIRI et les chimistes de l’IRCE Lyon ont développé un test diagnostic Covid non invasif qui détecte des signatures de l’air expulsé par les patients. Le RHU (Recherche Hospitalo-Universitaire) IdBIORIV va permettre un diagnostic rapide du sepsis par des approches de spectrométrie de masse permettant l’identification des pathogènes et de leur résistance aux antibiotiques. Enfin, grâce à l’études de cohortes de patients COVID-19, les chercheurs du CIRI ont défini les signatures immunologiques (anticorps) et moléculaires (interféron) caractérisant les niveaux de sévérité de la maladie.

En vaccinologie, il faut souligner d’une part, la découverte et la validation clinique d’un vaccin contre le virus de Lassa, un pathogène de niveau 4, et d’autre part, la création de Vaxxel, spin off du CIRI spécialisée dans le développement de vaccins contre des virus respiratoires.

Sur le plan thérapeutique, les approches explorées par le CIRI sont multiples. Florence Ader a mené l’essai clinique international Discovery visant à trouver des traitements contre le COVID-19. D’autres chercheurs du CIRI développent la phagothérapie, c'est à dire l’utilisations de virus « tueurs » de bactéries, pour lutter contre les bactéries antibiorésistantes. D’autres encore testent de nouveaux candidats-médicaments initialement validés contre d’autres maladies pour traiter des maladies infectieuses, grâce aux start-up créées par les chercheurs du CIRI (Enyo Pharma, Signia Therapeutics) ou en lien avec d’autres industriels. Des efforts intenses sont également consentis pour développer de nouvelles immunothérapies, notamment cellulaires dans les domaines de transplantation, de l’autoimmunité, des infections chroniques ou du cancer. Ces immunothérapies sont permises notamment par des innovations issues d’équipes du CIRI dans le domaine de la thérapie génique et cellulaire.

Un centre impliqué dans l'enseignement

  doctorants et doctorantes environ, rattaché.es à 3 écoles doctorales et 3 établissements universitaires.