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SpeckSeq enables high-throughput functional stratification of MEFV variants in autoinflammatory diseases

Pauline Bronnec, Sarah Dalmon, Chloe Briand, Omran Allatif, Martin Broly, Melissa Marcotte, Gianluca Lombardi, Kevin Barthes, Nora Martel, Sandrine Hughes, Benjamin Gillet, Florian Milhavet, Aysima Atilgan, Hervé Bachelez, Serena Palmeri, Ignazia Prigione, Marine Madrange, Léa Savey, Michel Moutschen, Isabelle Jeru, Majdouline El Moussaoui, Alexandre Belot, Emilie Sbidian, Alessandra Carbone, Yvan Jamilloux1, Marco Gattorno Asma Smahi, Sophie Georgin-Lavialle, Guilaine Boursier, Flora Magnotti^@, Thomas Henry^@

The International Research Center on Infectious Diseases (CIRI; https://ciri.ens-lyon.fr/) is a multi-trustee public research institute (INSERM, CNRS, ENS, UCBL1, HCL) based in Lyon (Rhône-Alpes), one of France's most dynamic cities and a strategic crossroads in Europe. CIRI brings together over 450 collaborators, equally distributed across the departments of Virology, Bacteriology, and Immunology, fostering an exciting mix of scientists, professors, and physicians, thanks to its strong connections with HCL Lyon Hospitals.

The Virology department consists of 11 research teams focused on studying a broad spectrum of viral human pathogens, including emerging and highly pathogenic viruses in both acute and chronic infections. This includes BSL4 viruses, arboviruses, respiratory viruses, hepatitis viruses, retroviruses, and more. The department employs a variety of cutting-edge experimental approaches and methodologies, such as fundamental cellular and molecular biology, the development and use of appropriate animal models or organoids/organ-on-chip systems, spatiotemporal transcriptomics, metabolomics, and more. These tools are utilized to investigate pathogens, their interactions with host organisms, and the pathophysiology and clinical aspects of human infections. Additionally, CIRI is actively involved in translational research aimed at developing diagnostic methods, antivirals, and vaccines to combat these diseases.

We are seeking for an outstanding group leader in Virology focused on the study of human BSL3/BSL4 (re)emerging viruses; special considerations will be given to projects involving BSL-4 viruses.

Applicants of any nationality are welcome to apply. The selected candidate will be provided with office and laboratory space, as well as access to state-of-the-art on-site core facilities, including BSL3 facilities for in vitro and in vivo studies, a BSL4 laboratory, various types of microscopy, imaging, flow cytometry, and “omics” facilities, among others (see https://www.sfr-biosciences.fr/).

CIRI is committed to gender equality and is dedicated to support women in leadership positions, as such we strongly encourage the applications from female scientists. Special consideration will be given to candidates eligible for start-up programs, such as the ERC Starting/Consolidator Grants, ATIP-Avenir, ANR JCJC, or equivalent programs. Support will be provided to help secure research funding.

Applications, in English, should include a CV (3 pages), a brief description of achievements and records of self-financing (2 pages), a research project (5 pages), and the names and contact information of 3 referees.

Applications will be reviewed by the CIRI Scientific Advisory Board.

Application material should be sent as a single pdf to david.durantel@inserm.fr (Coordinator of Virology department) and dimitri.lavillette@cnrs.fr (CIRI Director).

DEADLINE FOR APPLICATIONS: March 31^st 2026. Short-listed candidates will be invited for an on-site visit and interview starting in April/Early May 2026

Fruit d’une collaboration avec les équipes de François Rousset, Peter Sudmant et Martin Steinegger, Alexandre Legrand a réalisé dans le cadre de sa thèse au sein de l’équipe LP2L de Lucie Etienne, une étude qui retrace l’histoire évolutive des gènes antiviraux SAMD9 et SAMD9L, engagés dans une course aux armements face aux virus.

Cette étude vient de paraître dans la revue scientifique « Nature Ecology & Evolution ».

Retrouvez l’article complet : https://lnkd.in/d7manFZb
 

The NLRP3 inflammasome fuels numerous common multifactorial diseases including arthritis, diabetes, atherosclerosis and Alzheimer’s disease, as well as, age-associated functional decline, by promoting deleterious inflammation.
Development of NLRP3 inhibitors has high therapeutic potentials but faces selectivity, limited efficacy and toxicity challenges for translation into clinic. The NLRP3 Team (CIRI, Lyon) recently participated in two collaborative studies (with BioAge Labs Inc. (CA, USA), R. Coll (Queen’s University, Belfast) and M. Geyer (University of Bonn), and R. Karki (Seoul National University)) reporting the identification of novel selective NLRP3 inhibitors, highlighted in Nature Reviews drug discovery.

For further information, links to the papers and highlight:

• https://www.nature.com/articles/d41573-025-00156-1
• https://doi.org/10.1084/jem.20242403
• https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2025.08.006

Maladie de Verneuil, greffes d'organes, virus de musaraigne, et santé des nourrissons, les équipes du CIRI travaillent pour faire avancer la recherche scientifique sur des thématiques nombreuses et variées. L'Agence Nationale de la Recherche (ANR), dans le cadre de son appel à projets générique annuel, a décidé d'apporter son soutien à 12 projets du CIRI en 2025. 

Rappel sur le fonctionnement: L'appel à projets générique de l'ANR est structuré en plusieurs comités correspondant chacun à un axe de recherche, ils sont ensuite triés en sous catégories comme:

• Jeunes Chercheuses Jeunes Chercheurs (JCJC)
• Projet de Recherche Collaborative (PRC)
• Projet de Recherche Mono-Equipe (PRME)

Voici les projets portés par le CIRI dans les catégories suivantes:

Génétique, génomique et ARN

PRC

Barricade: Un projet porté par Xavier Charpentier: Exploration systématique des barrières aux échanges génétiques par  conjugaison et transformation naturelle. 

Tout savoir sur le projet Barricade

Physiologie et physiopathologie

JCJC

SCARFACE, porté par Marie Tauber, un projet sur le rôle de la neuroinflammation dans les allergies médicamenteuses cutanées sévères.


Plus d'informations à venir bientôt

JCJC

STANDBYME, Un projet sur les interactions fonctionnelles entre les cellules infectées et les cellules bystanders, porté par Andrès Pizzorno de l'équipe VirPath.
 
Tout savoir sur le projet STANDBYME

PRC

RISES, porté par Fabienne Venet et l'équipe NLRP3, sur le rôle de l'inflammasome dans l'inductions des cellules immunorégulatrices au cours du sepsis

Tout savoir sur le projet RISES

Immunologie, Infectiologie et Inflammation

JCJC

PTSPyrin, un projet sur la protéine PSTPIP1 dans l'activation de l'inflammasome Pyrine, porté par Flora Magnotti et l'équipe I2BA.


Tout savoir sur le projet PTSPyrin

JCJC

ADIMUME, un projet pour tester de nouvelles formulations vaccinales par voie intranasale, porté par Stéphanie Longet de l'équipe GIMAP.


Tout savoir sur le projet ADIMUME

Recherche translationnelle en santé

JCJC

HS-MAIT, un projet porté par Axel Villani et l'équipe EIA, sur la contribution des lymphocytes T invariants associés aux muqueuses à la pathogénie et à la sévérité de l'hidradénite suppurée.

Tout savoir sur le projet HS-MAIT

PRC

NEOSTAPH, Un projet qui vise à lutter contre les nouvelles infections qui touchent les bébés prématurés. Porté par Anne Tristan et l'équipe StaPath.

Tout savoir sur le projet NEOSTAPH

PRC

PersiSTAPH, un projet dédié au profilage multi-omique des persisters de Staphylococcus aureus au sein des cellules hôtes et évaluation complète de l'efficacité des antimicrobiens contre les persisters intracellulaires.

Plus d'informations à venir bientôt

PRC

METABOLEGIO, un projet porté par Sophie Jarraud de l'équipe LegioPath,consacré à l'utilisation du volatilome et du métabolome pour identifier des biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic et la compréhension de la légionellose.

Plus d'informations à venir bientôt

PRME

MAGICAL, Un projet sur les interactions moléculaires en cas de transplantation d'organe, pour trouver de nouvelles stratégies face aux rejets de greffe. Porté par Olivier Thaunat de l'équipe NOPAB.

Tout savoir sur le projet MAGICAL

Maladie Infectieuses et environnement

PRC

Henipa-ECO, Un projet qui vise à étudier un genre d'hénipavirus chez la musaraigne pour mieux comprendre comment ces virus affectent les êtres humains, porté par Olivier Reynard et l'équipe IBIV.

Tout savoir sur le projet Henipa-ECO

Edimark est éditeur de revues médicales écrites par des médecins spécialistes pour des spécialistes.

A l'occasion de leur série "Reportages en Immersion", ils ont rencontrés des chercheurs et professionnels de santé travaillant sur la prise en charge de la maladie de Verneuil. 

Axel Villani, PUPH dans l'équipe EIA et aux HCL, témoigne dans deux vidéos (~6min):

• La maladie de Verneuil et son fardeau 
•  La recherche clinique au cœur de l’innovation 

Vous pouvez retrouver ces vidéos en cliquant ici, notez cependant qu'Edimark est une revue destinée aux professionnels il vous faudra donc créer un compte gratuit pour les visionner.

Si vous ne connaissez pas le "Starting Grant" de l'ERC:

Après le succès de la première édition en 2024, la deuxième paëlla du CIRI a été organisée le 13 juin dernier.

Une journée de détente avec au menu:

Un repas collectif...

...Des jeux et activités extérieures...

...et un tournoi de pétanque!

Un grand merci à toutes les personnes présentes qui ont égayé cette journée avec leur bonne humeur !

Merci à Cédric Badiou, Séverine Bohec, Floriane Fusil et Magali Perret pour l'organisation.

Et merci également à Nathalie Alazard et François Vandenesh pour les photos.

Comme chaque année, l'Institut Universitaire de France (IUF) décerne à plusieurs enseignants-chercheurs, en raison de la qualité exceptionnelle de leurs recherches, le statut de membre. Ce statut, d'une durée de 5 ans confère entre autres des crédits de recherche pour leur équipe et une prime d'excellence scientifique, ainsi qu'un allègemement de leur service statutaire d'enseignement.

Stéphane Paul estchef d'équipe de GIMAP et PU-PH à la Faculté de Médecine de Saint-Etienne, en plus de diriger le service d'immunologie du CHU de Saint-Etienne. Il travaille notamment sur l'immunité des muqueuses contre les inflammations chroniques (VIH et MICI), les adjuvants vaccinaux et la vaccination mucosale.

A ce titre, il rejoint la liste des lauréats de la chaire fondamentale de l'IUF. Nous le félicitons pour la qualité de ses travaux de recherche.

          Retrouvez ici la liste des lauréats de l'IUF.

          Retrouvez également l'article de l'Université Jean Monnet (UJM) sur le sujet

A l'occasion d'un festival de vulgarisation scientifique sur les liens entre Sciences et Gastronomie, des équipes du CIRI: Stapath, Persist, Horigene et Lyacts, ont accepté d'ouvrir les portes de leur laboratoire pour une séance de photographie de leurs outils, matériel, poste de travail... en parallèle avec l'institut Lyfe (anciennement institut Paul Bocuse) qui a fait de même.

Une exposition photo étonnante qui met en scène les ressemblances entre les scientifiques du CIRI et les chefs de la haute gastronomie.

L'objectif n'est pas seulement de susciter l'appétit mais aussi de faire comprendre au public le travail des chercheurs et chercheuses !

Crédit photo : Alicia Demonti

Vous pourrez retrouver toutes les photos, ainsi que le reste du festival, sous forme de mini-ateliers de médiation scientifique, le 14 juin au Faitout, au 12 rue Gabriel Péri, 69350, La Mulatière.

Plus d'informations en suivant ce lien

Coralie Bouchiat, MCUPH au CIRI dans l'équipe StaPath du CIRI, et Guillemin Rosi, journaliste à BFM, ont effectué une résidence croisée de quelques mois dans le cadre du projet Lysières2. Ils avaient pu faire une restitution de cet échange lors d'un séminaire Pop'Sciences à la Maison de la Recherche et de l’Entreprise de l’Institut catholique de Lyon – UCLy –, le 17 mars dernier.

Une nouvelle restitution co-organisée par l'ENS de Lyon et le CIRI aura lieu le 16 juin à 9h en amphi Anne l'Huilier site Monod ENS de Lyon, à l'occasion d'une matinée dédiée aux relations presse. 

Cette restitution sera suivie par des rapports d'expérience sur les relations presses ainsi qu'une présentation du média The Conversation.

Note: L'Inserm et l'ENS de Lyon étant tutelles du CIRI et partenaires de The Conversation, vous pouvez facilement publier dans ce media qui a un très grande visibilité. Venez le découvrir le 16 juin !

Pensez à vous inscrire ici!

"InSciences" est une bande dessinée de vulgarisation scientifique illustrée par Maïté Robert en partenariat avec des chercheurs et chercheuses et nombreuses universités, publié par Inserm Occitannie Méditerranée et soutenu par l'ANR.
Pour le troisième tome de cette BD, 8 projets scientifiques dans le domaine de la santé sont mis à l'honneur, dont ceux de Thomas Henry, chercheur dans l'équipe IB2A au CIRI et ses travaux sur le gène MEFV.

L'occasion de partager ces travaux au grand public et de découvrir d'autres projets de recherche en format coloré!

A découvrir en suivant ce lien.

Les équipes NLRP3 et NOPAB du CIRI ont travaillé conjointement avec des équipes du professeur Monneret et différents services des HCL pour avancer la recherche sur la réponse immunitaire dans le cas du sepsis. Ces travaux décrivent pour la première fois l’existence d’une population particulière de cellules possédant des propriétés de régulation de la réponse de l’hôte qui participe aux désordres immunitaires induits lors du sepsis.

On estime dans le monde à 11 millions par an le nombre de décès des suites d'un sepsis, la publication de cette étude est un pas de plus pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Ce travail est le fruit d’une collaboration entre :

• trois équipes de recherche du CIRI (Equipe NLRP3 - Dr Bénédicte PY, DR Inserm, Equipe NOPAB,  - Pr Olivier THAUNAT, PU-PH HCL-CIRI) et de l’UCBL1 (Equipe d’Accueil 7426, Pr Guillaume MONNERET, PU-PH HCL-UCBL1)
• deux services de réanimation des HCL (Anesthésie – Réanimation de HEH, Pr Anne-Claire LUKASZEWICZ PU-PH HCL, et Médecine intensive et réanimation de HEH, Pr Laurent ARGAUD, PU-PH HCL)
• trois services du Laboratoire de Biologie Médicale Multi Sites des HCL (Immunologie, Biochimie, Hématologie) au travers de la plateforme PETRA (Plateforme Technologique Translationnelle et Transdisciplinaire)

le Centre d’investigation Clinique des HCL (CIC 1407) 
un partenaire industriel dans le cadre d’une collaboration de longue date (bioMérieux).

Plus d'informations ici.

Ce projet a pour objectif de créer une plateforme pour le traitement et la prévention des infections virales respiratoires, en utilisant le virus de la grippe comme pathogène prototype. Pour atteindre cet objectif ambitieux, des immunothérapies innovantes seront développées et administrées directement au niveau de la muqueuse respiratoire. En cas de succès, les résultats d'InHEALation seront exploités pour offrir un outil technologique permettant de concevoir des immunothérapies contre d'autres agents pathogènes respiratoires et aéroportés.

C’est avec une immense tristesse que nous vous annonçons le décès de Marlène Dreux, Chercheur Inserm au CIRI, survenu ce mardi 18 mars 2025.

Arrivée à l'École normale supérieure de Lyon pour un magistère en 2002, elle y a soutenu sa thèse sur l’entrée du virus de l’hépatite C dans les cellules en 2007, au sein de l’unité de virologie humaine. Elle est ensuite partie pour un brillant post-doctorat au Scripps Research Institute où elle s’est intéressée au rôle de l’autophagie dans la réplication du virus de l’hépatite C. Elle a ensuite élargi son champ de recherche aux mécanismes par lesquels différents virus empêchent l’initiation d’une réponse immunitaire efficace, ce qui est resté son champ d’étude de prédilection.

A son retour en France, elle a réussi le concours CR à l'Inserm, et très vite souhaité créer au sein du CIRI sa propre équipe intitulée « Virus, Immunité innée et traffic Vésiculaire », dans la continuité de ses thématiques. Elle y a fait plusieurs découvertes majeures, notamment sur le mécanisme de détection de nombreuses infections virales par les cellules dendritiques plasmacytoïdes, qui dépend d’un contact cellulaire et de la formation d'une structure qu’elle a nommée “synapse interférogénique”.

Marlène a aussi beaucoup contribué à l’animation scientifique du centre via l’invitation de nombreux collègues internationaux et la participation à l’organisation de plusieurs congrès (IRCI, InnaSCo, club français des cellules dendritiques...). Marlène avait récemment rejoint une autre équipe où elle commençait une nouvelle dynamique, mais son état de santé s’est malheureusement brusquement détérioré. 

Avec les collègues et amis du CIRI et du LBMC lors de l'IRCI 2022.

Marlène était brillante, extrêmement travailleuse, aussi exigeante avec les autres qu’elle l’était avec elle-même, souriante en toutes circonstances malgré toutes les difficultés qu’elle s’efforçait de surmonter. Nous perdons une collègue, pour certains une amie, encore une fois toutes nos pensées à sa famille et à tous ceux qui la connaissaient. 

A la retraite du CIRI, Chamonix, 2016

Ce lundi 17 mars,un séminaire Pop’Sciences sur la relation entre chercheur et journaliste a eu lieu le à la Maison de la Recherche et de l’Entreprise de l’Institut catholique de Lyon – UCLy – en partenariat avec RCF radio Lyon . 

A cette occasion, Coralie Bouchiat, MCUPH au CIRI dans l'équipe StaPath du CIRI, et Guillemin Rosi, journaliste à BFM, ont pu faire une restitution de la résidence croisée qu'ils ont effectuée ces derniers mois dans le cadre du projet Lysières2. Chacun a pu découvrir le métier de l'autre, des temporalités, des modes de travail différents, mais un similaire manque de moyens. 

Une présentation interessante suivie d'une table ronde tout aussi  riche en enseignements, avec des chercheurs, des journalistes et des responsables communication. 

Pour en savoir plus sur cette résidence, une BD et un podcast seront bientôt réalisés pour en savoir plus sur cette rencontre de deux mondes qui ont besoin d'apprendre à mieux échanger. 

Restitution: 

Programme détaillé du séminaire: 

Table ronde: 

Le 7 février 2025, les HCL ont inauguré leur plateforme de bioproduction de thérapies innovantes baptisée ARTEMIS (Application et Recherche en Tissus, cEllules et Médicaments InnovantS) localisée à l’hôpital Edouard Herriot. Cette plateforme permettra de produire et rendre accessibles aux patients des HCL, de nouvelles thérapeutiques innovantes fondées sur la modification du système immunitaire. Ce projet a été rendu possible grace à la Fondation HCL à travers le projet VINCI (pour VaINCre les maladies dys-Immunitaires). 

Le développement de ces nouvelles thérapeutiques s'appuie sur les dernières avancées de la recherche de pointe en immunologie, que de nombreux acteurs et porteurs du projet, les professeurs Fabienne Venet, Sébastien Viel, Emmanuel Bachy, Alexandre Belot, Florence Ader et Olivier Thaunat effectuent au CIRI. 

En apprendre plus sur la plateforme Artemis, et la fédération LIFe (Lyon Immunopathology Federation) des HCL, un collectif fort d'immunopathologistes des HCLs, elle aussi portée par des horspitalo-universitaires, chercheurs du CIRI.

Salima Hacein-Bey et certains des médecins chercheurs du CIRI à l'inauguration de la plateforme Artemis (Fabienne Venet, Olivier Thaunat, Sébastien Viel, Alexandre Belot et Florence Ader). 

Le CIRI a tenu son assemblée générale annuelle le 14 janvier 2025, qui a réuni plus de 200 de ses membres.

L'occasion pour le DU actuel du CIRI, Thierry Walzer, de présenter la carte de voeux 2025 générée par IA. 

Après quelques présentations des actualités scientifiques de l'année, les chaires industrielles REVIDA et CERP, le projet CryoEM, le LIA RESPIVIR et le projet IPCEI conjoint entre les équipes GIMAP et VirPath, les services communs, comités et commissions du Centre se sont présentés. 

Les membres du CIRI peuvent retrouver les diapositives présentées sur l'intranet. 

Cette Assemblée Générale fut aussi l'occasion pour Dimitri Lavillette, futur directeur du Centre, de se présenter et de présenter la prochaine évaluation du Centre. 

Le groupe de Manuel Rosa-Calatrava au sein de l'équipe VirPath et sa plateforme technologique virnext mènent une recherche partenariale et interdisciplinaire visant à développer et valider dans un continuum de modèles précliniques in vitro et in vivo de nouvelles stratégies prophylactiques et thérapeutiques contre les infections virales respiratoires émergentes et ré-émergentes.

Découvrez dans le magazine de l'Inserm une double page qui met en lumière la recherche translationnelle du laboratoire International #jointlab #RESPIVIR France - Canada et sa valorisation par le transfert technologique et l’essaimage de spin-offs, comme AIS biotech.

Lien vers l'article dans la rubrique "Entreprendre" du magazine de l'Inserm (p40-41). 

L’article met notamment l’emphase sur le programme collaboratif avec le Cermav, expert dans les procédés industrialisables de bio-production des polysaccharides complexes. Financé par la SATT Linksium, ce partenariat a abouti à l’identification et la validation au stade préclinique in vivo de Glycoflu, un premier composé d’une nouvelle classe de biomolécules qui agissent comme des récepteurs leurres empêchant les virus influenza humains de s’attacher aux cellules de l’épithélium respiratoire. Protégé par un brevet européen (EP21305131.1) déposé par l'Inserm, l’Université Claude Bernard Lyon 1, le CNRS, l’ENS de Lyon et l’Université Grenoble-Alpes, le glycopolymère complexe synthétique Glycoflu a été licencié à AIS Biotech qui en assure aujourd’hui le développement vers la clinique.

Cette nouvelle stratégie basée sur des glycopolymères complexes synthétisés à façon, constitue une nouvelle approche complémentaire à la vaccination et aux antiviraux classiques, dans la lutte contre les virus influenza épidémiques saisonniers et ceux au potentiel pandémique, en contribuant notamment à limiter la transmission des virus et l’émergence de résistance.

La médaille de Bronze du CNRS a été remise à Lucie Etienne, chercheuse CNRS dans l'équipe LPL2 , le 17 décembre dernier, . 

Félicitations à elle ! 

Redécouvrez son parcours et ses travaux sur le site du CNRS. 

Photos de la cérémonie (« V.Noclin – CNRS »)

The importance of metabolic pathways in regulating immune responses is now well established, and a mapping of the bioenergetic metabolism of different immune cell types is under way. CD8 T cells and natural killer (NK) cells contribute to cancer immunosurveillance through their cytotoxic functions and secretion of cytokines and chemokines, complementing each other in target recognition mechanisms. Several immunotherapies leverage these cell types by either stimulating their activity or redirecting their specificity against tumour cells. However, the anticancer activity of CD8 T cells and NK cells is rapidly diminished in the tumour microenvironment, closely linked to a decline in their metabolic capacities. Various strategies have been developed to restore cancer immunosurveillance, including targeting bioenergetic metabolism or genetic engineering. This Review provides an overview of metabolic dysfunction in CD8 T cells and NK cells within the tumour microenvironment, highlighting current therapies aiming to overcome these issues.

Le 6 décembre 2024 sur le site de l’ENS Lyon s’est déroulé le ViroDay, organisé par le CIRI et associant l’IVPC, le LBTI et l’Institut NeuroMyoGène.  Cette journée placée sous le signe de la science et de la convivialité a réuni quelques 175 virologues de Lyon. Elle a été marquée par la grande qualité des présentations orales et des posters exposés et a favorisé les interactions entre les participants ainsi que les sponsors. 

Félicitations à tous les lauréats des différents prix distribués au cours de la journée :

Prix posters 

Prix scientifique - jury : Sarah Maesen (LP2L, CIRI)
Prix scientifique - public : Xhuan-Nhi Nguyen (LP2L, CIRI)
Prix communication - jury : Hiba Hassoun (VCITC, LBTI)
Grand prix du jury : Marie Verneret (PR2T, IVPC)

Prix oraux

Prix scientifique : Amélie Bourgeais (NITROVIRE, CIRI)
Prix scientifique : Nicolas Ellinger (VCITC, LBTI)

Le comité d’organisation du ViroDay tient à remercier particulièrement toutes les personnes ayant participé à cette journée, le service de gestion du CIRI pour son support, ainsi que les sponsors, sans oublier la Direction des Moyens Généraux  et la logistique de l’ENS de Lyon qui tous ont permis l’accueil et la mise en place de lieux d’échanges conviviaux. Cette initiative sera sans aucun doute réitérée dans le futur afin de renforcer les liens au sein de la communauté des virologues de Lyon et de poursuivre ces échanges fructueux.

Portrait des lauréates CIRI

Amélie Bourgeais (NITROVIRE, CIRI)

Je suis actuellement ingénieure d’étude au sein de l’équipe NeuroInvasion TROpisme and VIRal Encephalitis (NITROVIRE). Je viens juste de finir mon cursus universitaire en juin de cette année ! J’ai commencé celui-ci par une formation technique en réalisant un Bachelor d’Assistante Ingénieure en biologie biochimie et biotechnologie à l’ESTBB complété d’un double diplôme licence générale mention sciences, technologies, santé, parcours Biologie et Biotechnologies en partenariat avec le CNAM. C’est lors de cette formation que j’ai découvert mon intérêt pour la recherche fondamentale en virologie qui n’a cessé de s’accroître. Cela fait quelques années que je côtoie diverses personnes au sein du CIRI. En effet, j’ai eu l’opportunité de travailler en stage auprès de Viktor Volchkov et Olivier Diaz. Suite à cela, j’ai effectué un master en biologie moléculaire et cellulaire (spécialité infectiologie fondamentale) à l’université Claude Bernard Lyon 1. J’ai effectué mes stages de master au sein de l’équipe de Cyrille Mathieu, dans laquelle j’ai développé un fort intérêt pour la neuro-virologie et la microscopie. Mon prochain objectif est de réaliser une thèse portant sur l’infection des cellules neurales et du système nerveux central par des virus neurotropes de classe 2 à 4. Actuellement, je travaille sur l’étude des phases précoces de l’infection des cellules neurales par les Paramyxovirus. Nous nous attardons sur les mécanismes d’entrée des virus dans les cellules neurales et sur les mécanismes de dissémination intra et inter neurones.

Sarah Maesen (LP2L, CIRI)

Étudiante en première année de thèse, je travaille sous la direction de Lucie ETIENNE (équipe LP2L) sur l’immunité comparée des chauves-souris en combinant des approches fonctionnelle, évolutive et transcriptomique pour une meilleure compréhension de l'interaction hôte-pathogène. Diplômée en Master en Biologie moléculaire et cellulaire, spécialité Infectiologie de l'Université Lyon 1, j'ai également obtenu un diplôme d'ingénieur en Génie Biologique de l'école Polytech Clermont-Ferrand.

Xhuan-Nhi Nguyen (LP2L, CIRI)

Ingénieure d'étude INSERM titulaire depuis 2016 dans l'équipe d'Andrea CIMARELLI, je travaille sur l'étude du facteur de restriction TRIM69 à large spectre antiviral. Au laboratoire, nous avons déjà décrit son aptitude à moduler les microtubules de la cellule hôte afin d'empêcher l'infection virale. A présent, nous nous intéressons plus précisément au mécanisme d'action de TRIM69 en se focalisant sur le virus HIV-1.

Découvrez avec cette vidéo comment la chaire revida propose d'améliorer le diagnostic des infections respiratoires virales :

Pour aller plus loin, lisez la dernière publication sur la performance des marqueurs basés sur l'hôte pour améliorer le diagnostic des infections respiratoires virales qui a été publiée en décembre 2024 dans eBioMedecine.

Pour en savoir plus: visitez le site web de REVIDA pour en savoir plus sur la chaire REVIDA.

Emilie laurent, ingénieur d’étude UCBL1, et Aurélien Traversier, assistant ingénieur UCBL1 au sein de l’équipe de Manuel Rosa-Calatrava et de sa plateforme de recherche technologique Virnext au Centre International de Recherche en Infectiologie (UMR 5308 CNRS - U1111 INSERM - ENS Lyon - UCBL1), sont lauréats du Cristal collectif du CNRS pour leurs contributions majeures à l’infrastructure nationale Virocrib dédiée au criblage de molécules antivirales.

Le cristal collectif distingue des équipes de personnels d’appui à la recherche, ayant mené des projets dont la maîtrise technique, la dimension collective, les applications, l’innovation et le rayonnement sont particulièrement remarquables. Virocrib est un consortium créé à l’initiative d’Ancdré Le Bivic et Sylvie Guerder du CNRS Biologie en réponse à la pandémie de COVID19, afin de rassembler un ensemble d’experts, d’équipes de recherche et de plateformes et organiser un continuum de savoir-faire et de moyens dans le but d’être mieux préparés et réagir rapidement lors de futures crises sanitaires. L’enjeu est également de mieux anticiper l’apparition de nouveaux virus respiratoires.

Emilie laurent et Aurélien traversier ont notamment contribué à la mise en place d’un continuum de modèles précliniques d’infection in vitro et in vivo et à la mise en oeuvre de très nombreuses campagnes d’évaluation de molécules antivirales candidates contre SARS-CoV-2 en modèles d’infection d’épithéliums respiratoires humains reconstitués et cultivés en interface air/liquide.

Ce Cristal est partagé avec Adeline Danneels, Assistante-Ingénieure CNRS, Audrey Tarricone, Ingénieure d'Etudes CNRS, au sein de l’équipe Virologie Moléculaire & Cellulaire du Center for Infection & Immunity of Lille (CIIL, CNRS UMR9017 & Inserm U1019, Institut Pasteur de Lille), Nathalie Gros, Ingénieure d'Etudes Hors Classe CNRS et Lisa Morichon, Ingénieure d'Etudes CNRS de l’unité CEMIPAI CNRS UAR3725 – Centre d’étude des maladies infectieuses et pharmacologie anti-infectieuses à Montpellier.

Ce cristal collectif a été remis au nom d’Antoine Petit, PDG du CNRS lors de la cérémonie de remise des médailles du CNRS 2024, délégation régionale Occitanie Est, au domaine des Grands Chais le vendredi 15 novembre 2024.

Pour plus d'informations sur virocrib:  http://www.virocrib.fr/

Félicitations à Abdelrahim Zoued, chercheur CNRS au CIRI dans l'équipe LegioPath, figure cette année parmis les 10 lauréats du prix d'exellence de la Fédération Européenne des Sociétés de Biochimies.

Le prestigieux programme de bourses d'excellence FEBS soutient les chefs de groupe en début de carrière dans le domaine de la FEBS, qui ont fait leurs preuves en matière de recherche scientifique. Les bourses d'excellence de la FEBS offrent un financement de 100 000 euros pour l'achat d'équipements et de consommables de recherche sur une période de trois ans.

La FEBS a le plaisir d'annoncer ici les chercheurs sélectionnés par le comité des prix d'excellence et des bourses de la FEBS pour recevoir une bourse d'excellence de la FEBS à la suite de l'appel de 2024. Nous félicitons les boursiers pour leur sélection et leur souhaitons beaucoup de succès dans leurs prochaines étapes de recherche.

Découvrir tous les lauréats.

Information sur la labellisation “joint lab” de RESPIVIR par l’INSERM

S'appuyant sur une collaboration durable, solide et fructueuse entre les équipes de Guy Boivin au Centre de Recherche du CHU Québec – Université Laval à Québec, et de Manuel Rosa-Calatrava au Centre International de Recherche en Infectiologie à Lyon, et après une validation scientifique par les pairs, l'Inserm et l'Université Laval se sont engagée à la création d’un Laboratoire Conjoint « Joint Lab » entre les deux équipes partenaires - pour une durée de cinq (5) ans – afin de poursuivre le projet intitulé « Mucosal immuno-pathogenesis of emerging and re-emerging respiratory virus infections and development of innovative prophylactic and therapeutic strategies (RESPIVIR France - Canada) ». Ce laboratoire conjoint sera coordonné par :

• En France, Manuel Rosa Calatrava, co-responsable de l'équipe VirPath, unité Inserm CIRI U1111, Lyon et responsable de la plateforme de recherche technologique Virnext (Université Claude Bernard Lyon 1)
• Au Québec (Canada), Guy Boivin, professeur de pédiatrie, Laboratoire de Virologie Moléculaire et Clinique (LVMC) Centre de Recherche du CHU Québec – Université Laval.

Les équipes de l’Université Laval et de l’Inserm ont une collaboration bien structurée et prometteuse dans le domaine spécifique des infections virales respiratoires émergentes et ré-émergentes. L’Inserm et l’Université Laval souhaitent développer leur collaboration sur la base du Joint Lab RESPIVIR, visant à fédérer et amplifier les activités de recherche sur le thème des infections virales respiratoires émergentes et ré-émergentes et le développement de stratégies prophylactiques et thérapeutiques innovantes entre les deux équipes partenaires.

A cet effet, l’Inserm et l’Université Laval souhaitent mettre en place un avenant à l'accord de collaboration en cours, signé en octobre 2021 avec l’Université Laval, l’Université Claude Bernard Lyon 1, le CNRS et l’ENS de Lyon, impliquant ces deux équipes.

Cette entente entre l’INSERM et l’Université Laval a été signée le 29 octobre par Didier Samuel, PDG de l’INSERM, Eugénie Brouillet, vice-rectrice en charge de la recherche, création et innovation de l’Université Laval, Guy Boivin, professeur titulaire à la Faculté de Médecine de l’Université Laval, et Manuel Rosa-Calatrava, Directeur de Recherche INSERM et professeur associé à la Faculté de Médecine de l’Université Laval, à l’occasion de la célébration du 60ème anniversaire de l’INSERM organisé à l’Ambassade de France aux Etats-Unis, Washington DC. Plusieurs autres ententes de partenariat avec les États-Unis et le Canada ont également été signées en présence de Laurent Billi, ambassadeur de France aux États-Unis et de nombreuses personnalités d’institutions partenaires de l’INSERM.

Information sur RESPIVIR

Le Laboratoire International de Recherche RESPIVIR France - Canada a été créé le 7 juillet 2021 par l’Université Laval, l’Université Claude Bernard Lyon 1, le Centre National de la Recherche Scientifique, l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale et l’École Normale Supérieure Lyon. Il a déjà bénéficié de plusieurs financements issus d’appels à projet de l’Université Laval, de l’Université Claude Bernard Lyon 1 (ETOILES), du Centre National de la Recherche Scientifique (« International Research Program) et de la Région Auvergne-Rhône-Alpes (Ambition Internationale).

RESPIVIR est le fruit d’une collaboration assez unique de près de 15 ans entre nos deux pays qui témoigne d’une sincère amitié et d’une envie partagée de collaborer et de travailler ensemble. RESPIVIR vise à être une référence mondiale dans l’étude des virus respiratoires émergents et ré-émergents grâce à la qualité et la pertinence de ses travaux de recherche et d’innovation, de formation et à ses activités de transfert.

Les travaux de recherche menés en synergie par le Pr Guy Boivin au Centre de Recherche du CHU de Québec – Université Laval et le Dr Manuel Rosa-Calatrava dans l’Unité U1111 de l’INSERM au Centre International de Recherche en Infectiologie à Lyon, visent à développer de nouvelles stratégies prophylactiques et thérapeutiques pour lutter contre les virus respiratoires tels que les influenza, les pneumovirus et le SARS-CoV-2, qui constituent un enjeu majeur de santé publique. Avec leur équipe d’une trentaine de chercheurs, ingénieurs, techniciens et étudiants, plusieurs d’entre eux étant en cotutelle de thèse entre nos deux universités, le bilan de ces 15 années de partenariat s’est traduit par 16 publications scientifiques, un portefeuille de 5 familles de brevets et la création de plusieurs startups. L’une d’entre elle, Vaxxel, développe un candidat vaccin vivant atténué bivalent contre les pneumovirus qui a été validé au stade préclinique. Ces résultats publiés, ont récemment été validés par le NIAID dans un autre modèle animal (rédaction d’article en cours) et cette collaboration va se poursuivre pour accélérer le transfert du vaccin en clinique.

Des chercheurs du CIRI se mobilisent pour ce week-end de la fête de la science pour différents événements, notamment autour de l'exposition du musée des Confluences "Epidémies, prendre soin du vivant". Ils vous parleront des épidémies, vues à travers la fiction, le cinéma ou encore les jeux videos N'hésitez pas à aller à leur rencontre, et à visiter l'exposition...

Tout le programme sur :  

Quelques interventions de chercheurs du CIRI: 

Table ronde "Les biotechnologies pour prévenir et guérir les épidémies : quand la réalité dépasse la fiction", avec Olivier Terrier et Cyrille Mathieu, chercheurs CNRS au CIRI. 

Projection/Conférence "Ciné-Sciences spécial épidémies" par Cyrille Mathieu, chercheur CNRS au CIRI, conférence le samedi 5 octobre . 

https://museedesconfluences.fr/fr/agenda/cine-sciences-special-epidemies

Conférence "Plague Inc.: l'apocalypse en quelques clics", avec Aurélien Gibeaud et Charles Terra, doctorants au CIRI.

https://museedesconfluences.fr/fr/agenda/plague-inc-lapocalypse-en-quelques-clics

Conférence "L’épidémie du sang vicié dans World of Warcraft" avec  Jean-Philippe Rasigade et Jean-Sébastien Casalegno, médecins biologistes et infectiologues 

https://museedesconfluences.fr/fr/agenda/lepidemie-du-sang-vicie-dans-world-warcraft

Témoignages des Dr Xavier Charpentier et Dr Dimitri Lavillette lors de la Soirée des Lauréats de la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) - Région Rhône-Alpes

Le 10 septembre 2024, le Casino Grand a accueilli une soirée organisée par la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), rassemblant scientifiques et soutiens pour célébrer les lauréats et les avancées en recherche médicale. La soirée a débuté par une introduction de Valérie Lemarchandel, Directrice scientifique de la FRM, et Benjamin Pruvost, Président du Directoire et CEO de la FRM.

Le Dr Dimitri Lavillette a présenté le CIRI, soulignant son rôle clé dans la recherche sur les maladies infectieuses et l’immunité avec un continuum allant de la recherche fondamentale à la recherche clinique. Le Dr Xavier Charpentier a pris la parole pour exprimer sa gratitude envers les nombreux contributeurs et partenaires de la FRM, soulignant l'importance de leur soutien continu depuis le début de sa carrière. Il a évoqué les défis du financement lié à la résistance aux antibiotiques, une "pandémie silencieuse" comparée au COVID-19. Le soutien de la FRM est essentiel pour le développement de nouvelles connaissances et de solutions dans la lutte contre les bactéries.

Actuellement, six équipes du CIRI sont soutenus par la FRM à travers divers programmes tels que des soutiens aux jeunes chercheurs en fin de thèse, des financements pour des recherches postdoctorales, des contrats de recherche doctorale (bourses de thèse), et des labélisations Equipe FRM. L’infectiologie reste souvent sous-estimée hors des crises sanitaires et Dr Dimitri Lavillette a exprimé une profonde reconnaissance envers la FRM pour son soutien généraliste et sa volonté de financer des projets risqués, fondamentaux, en particulier dans des domaines de recherche moins médiatisés de santé publique.

Cette soirée a été l'occasion de reconnaître et de célébrer le dévouement des bénévoles de la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) - Région Rhône-Alpes, sous l'animation de Madame Geneviève Tachon. Tous les membres du CIRI expriment leur profonde gratitude pour ce précieux soutien.

JEM editors selected the last publication from Belot A. and Mathieu A.L. (LYACTS Team) for a highlight article :

Identification of monogenic causes of immune dysregulation provides insight into human immune response and signaling pathways associated with autoimmunity. Here, Jeanpierre et al. (https://doi-org.proxy.insermbiblio.inist.fr/10.1084/jem.20232337) identify new germline variants in the gene encoding PTPN2 associated with loss of regulatory function, enhanced JAK/STAT signaling, and early-onset autoimmunity.