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SpeckSeq enables high-throughput functional stratification of MEFV variants in autoinflammatory diseases

Pauline Bronnec, Sarah Dalmon, Chloe Briand, Omran Allatif, Martin Broly, Melissa Marcotte, Gianluca Lombardi, Kevin Barthes, Nora Martel, Sandrine Hughes, Benjamin Gillet, Florian Milhavet, Aysima Atilgan, Hervé Bachelez, Serena Palmeri, Ignazia Prigione, Marine Madrange, Léa Savey, Michel Moutschen, Isabelle Jeru, Majdouline El Moussaoui, Alexandre Belot, Emilie Sbidian, Alessandra Carbone, Yvan Jamilloux1, Marco Gattorno Asma Smahi, Sophie Georgin-Lavialle, Guilaine Boursier, Flora Magnotti@, Thomas Henry@

The International Research Center on Infectious Diseases (CIRI; https://ciri.ens-lyon.fr/) is a multi-trustee public research institute (INSERM, CNRS, ENS, UCBL1, HCL) based in Lyon (Rhône-Alpes), one of France's most dynamic cities and a strategic crossroads in Europe. CIRI brings together over 450 collaborators, equally distributed across the departments of Virology, Bacteriology, and Immunology, fostering an exciting mix of scientists, professors, and physicians, thanks to its strong connections with HCL Lyon Hospitals.

The Virology department consists of 11 research teams focused on studying a broad spectrum of viral human pathogens, including emerging and highly pathogenic viruses in both acute and chronic infections. This includes BSL4 viruses, arboviruses, respiratory viruses, hepatitis viruses, retroviruses, and more. The department employs a variety of cutting-edge experimental approaches and methodologies, such as fundamental cellular and molecular biology, the development and use of appropriate animal models or organoids/organ-on-chip systems, spatiotemporal transcriptomics, metabolomics, and more. These tools are utilized to investigate pathogens, their interactions with host organisms, and the pathophysiology and clinical aspects of human infections. Additionally, CIRI is actively involved in translational research aimed at developing diagnostic methods, antivirals, and vaccines to combat these diseases.

We are seeking for an outstanding group leader in Virology focused on the study of human BSL3/BSL4 (re)emerging viruses; special considerations will be given to projects involving BSL-4 viruses.

Applicants of any nationality are welcome to apply. The selected candidate will be provided with office and laboratory space, as well as access to state-of-the-art on-site core facilities, including BSL3 facilities for in vitro and in vivo studies, a BSL4 laboratory, various types of microscopy, imaging, flow cytometry, and “omics” facilities, among others (see https://www.sfr-biosciences.fr/).

CIRI is committed to gender equality and is dedicated to support women in leadership positions, as such we strongly encourage the applications from female scientists. Special consideration will be given to candidates eligible for start-up programs, such as the ERC Starting/Consolidator Grants, ATIP-Avenir, ANR JCJC, or equivalent programs. Support will be provided to help secure research funding.

Applications, in English, should include a CV (3 pages), a brief description of achievements and records of self-financing (2 pages), a research project (5 pages), and the names and contact information of 3 referees.

Applications will be reviewed by the CIRI Scientific Advisory Board.

Application material should be sent as a single pdf to david.durantel@inserm.fr (Coordinator of Virology department) and dimitri.lavillette@cnrs.fr (CIRI Director).

DEADLINE FOR APPLICATIONS: March 31^st 2026. Short-listed candidates will be invited for an on-site visit and interview starting in April/Early May 2026

In collaboration with the teams of François Rousset, Peter Sudmant and Martin Steinegger, Alexandre Legrand conducted a study within the framework of his PhD thesis in Lucie Etienne's LP2L team, tracing the evolutionary history of the antiviral genes SAMD9 and SAMD9L, which are engaged in an arms race against viruses.

This study has just been published in the scientific journal Nature Ecology & Evolution.

Access the full article: https://lnkd.in/d7manFZb

The NLRP3 inflammasome fuels numerous common multifactorial diseases including arthritis, diabetes, atherosclerosis and Alzheimer’s disease, as well as, age-associated functional decline, by promoting deleterious inflammation.
Development of NLRP3 inhibitors has high therapeutic potentials but faces selectivity, limited efficacy and toxicity challenges for translation into clinic. The NLRP3 Team (CIRI, Lyon) recently participated in two collaborative studies (with BioAge Labs Inc. (CA, USA), R. Coll (Queen’s University, Belfast) and M. Geyer (University of Bonn), and R. Karki (Seoul National University)) reporting the identification of novel selective NLRP3 inhibitors, highlighted in Nature Reviews drug discovery.

For further information, links to the papers and highlight:

• https://www.nature.com/articles/d41573-025-00156-1
• https://doi.org/10.1084/jem.20242403
• https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2025.08.006

Maladie de Verneuil, greffes d'organes, virus de musaraigne, et santé des nourrissons, les équipes du CIRI travaillent pour faire avancer la recherche scientifique sur des thématiques nombreuses et variées. L'Agence Nationale de la Recherche (ANR), dans le cadre de son appel à projets générique annuel, a décidé d'apporter son soutien à 12 projets du CIRI en 2025. 

Rappel sur le fonctionnement: L'appel à projets générique de l'ANR est structuré en plusieurs comités correspondant chacun à un axe de recherche, ils sont ensuite triés en sous catégories comme:

• Jeunes Chercheuses Jeunes Chercheurs (JCJC)
• Projet de Recherche Collaborative (PRC)
• Projet de Recherche Mono-Equipe (PRME)

Voici les projets portés par le CIRI dans les catégories suivantes:

Génétique, génomique et ARN

PRC

Barricade: Un projet porté par Xavier Charpentier: Exploration systématique des barrières aux échanges génétiques par  conjugaison et transformation naturelle. 

Tout savoir sur le projet Barricade

Physiologie et physiopathologie

JCJC

SCARFACE, porté par Marie Tauber, un projet sur le rôle de la neuroinflammation dans les allergies médicamenteuses cutanées sévères.


Plus d'informations à venir bientôt

JCJC

STANDBYME, Un projet sur les interactions fonctionnelles entre les cellules infectées et les cellules bystanders, porté par Andrès Pizzorno de l'équipe VirPath.
 
Tout savoir sur le projet STANDBYME

PRC

RISES, porté par Fabienne Venet et l'équipe NLRP3, sur le rôle de l'inflammasome dans l'inductions des cellules immunorégulatrices au cours du sepsis

Tout savoir sur le projet RISES

Immunologie, Infectiologie et Inflammation

JCJC

PTSPyrin, un projet sur la protéine PSTPIP1 dans l'activation de l'inflammasome Pyrine, porté par Flora Magnotti et l'équipe I2BA.


Tout savoir sur le projet PTSPyrin

JCJC

ADIMUME, un projet pour tester de nouvelles formulations vaccinales par voie intranasale, porté par Stéphanie Longet de l'équipe GIMAP.


Tout savoir sur le projet ADIMUME

Recherche translationnelle en santé

JCJC

HS-MAIT, un projet porté par Axel Villani et l'équipe EIA, sur la contribution des lymphocytes T invariants associés aux muqueuses à la pathogénie et à la sévérité de l'hidradénite suppurée.

Tout savoir sur le projet HS-MAIT

PRC

NEOSTAPH, Un projet qui vise à lutter contre les nouvelles infections qui touchent les bébés prématurés. Porté par Anne Tristan et l'équipe StaPath.

Tout savoir sur le projet NEOSTAPH

PRC

PersiSTAPH, un projet dédié au profilage multi-omique des persisters de Staphylococcus aureus au sein des cellules hôtes et évaluation complète de l'efficacité des antimicrobiens contre les persisters intracellulaires.

Plus d'informations à venir bientôt

PRC

METABOLEGIO, un projet porté par Sophie Jarraud de l'équipe LegioPath,consacré à l'utilisation du volatilome et du métabolome pour identifier des biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic et la compréhension de la légionellose.

Plus d'informations à venir bientôt

PRME

MAGICAL, Un projet sur les interactions moléculaires en cas de transplantation d'organe, pour trouver de nouvelles stratégies face aux rejets de greffe. Porté par Olivier Thaunat de l'équipe NOPAB.

Tout savoir sur le projet MAGICAL

Maladie Infectieuses et environnement

PRC

Henipa-ECO, Un projet qui vise à étudier un genre d'hénipavirus chez la musaraigne pour mieux comprendre comment ces virus affectent les êtres humains, porté par Olivier Reynard et l'équipe IBIV.

Tout savoir sur le projet Henipa-ECO

Edimark est éditeur de revues médicales écrites par des médecins spécialistes pour des spécialistes.

A l'occasion de leur série "Reportages en Immersion", ils ont rencontrés des chercheurs et professionnels de santé travaillant sur la prise en charge de la maladie de Verneuil. 

Axel Villani, PUPH dans l'équipe EIA et aux HCL, témoigne dans deux vidéos (~6min):

• La maladie de Verneuil et son fardeau 
•  La recherche clinique au cœur de l’innovation 

Vous pouvez retrouver ces vidéos en cliquant ici, notez cependant qu'Edimark est une revue destinée aux professionnels il vous faudra donc créer un compte gratuit pour les visionner.

Si vous ne connaissez pas le "Starting Grant" de l'ERC:

After last year's success, a second edition of the CIRI's paella was organized on june 13th.

A day of relaxation with on the program:

A shared meal...

...games and out-door activities...

...and a petanque tournament!

A huge thanks to everyone who was present to bring joy to this event !

Thanks to Cédric Badiou, Séverine Bohec, Floriane Fusil et Magali Perret as the organizing team.

Thank you as well to Nathalie Alazard et François Vandenesh for the pictures.

Comme chaque année, l'Institut Universitaire de France (IUF) décerne à plusieurs enseignants-chercheurs, en raison de la qualité exceptionnelle de leurs recherches, le statut de membre. Ce statut, d'une durée de 5 ans confère entre autres des crédits de recherche pour leur équipe et une prime d'excellence scientifique, ainsi qu'un allègemement de leur service statutaire d'enseignement.

Stéphane Paul estchef d'équipe de GIMAP et PU-PH à la Faculté de Médecine de Saint-Etienne, en plus de diriger le service d'immunologie du CHU de Saint-Etienne. Il travaille notamment sur l'immunité des muqueuses contre les inflammations chroniques (VIH et MICI), les adjuvants vaccinaux et la vaccination mucosale.

A ce titre, il rejoint la liste des lauréats de la chaire fondamentale de l'IUF. Nous le félicitons pour la qualité de ses travaux de recherche.

          Retrouvez ici la liste des lauréats de l'IUF.

          Retrouvez également l'article de l'Université Jean Monnet (UJM) sur le sujet

A l'occasion d'un festival de vulgarisation scientifique sur les liens entre Sciences et Gastronomie, des équipes du CIRI: Stapath, Persist, Horigene et Lyacts, ont accepté d'ouvrir les portes de leur laboratoire pour une séance de photographie de leurs outils, matériel, poste de travail... en parallèle avec l'institut Lyfe (anciennement institut Paul Bocuse) qui a fait de même.

Une exposition photo étonnante qui met en scène les ressemblances entre les scientifiques du CIRI et les chefs de la haute gastronomie.

L'objectif n'est pas seulement de susciter l'appétit mais aussi de faire comprendre au public le travail des chercheurs et chercheuses !

Crédit photo : Alicia Demonti

Vous pourrez retrouver toutes les photos, ainsi que le reste du festival, sous forme de mini-ateliers de médiation scientifique, le 14 juin au Faitout, au 12 rue Gabriel Péri, 69350, La Mulatière.

Plus d'informations en suivant ce lien

Coralie Bouchiat, MCUPH au CIRI dans l'équipe StaPath du CIRI, et Guillemin Rosi, journaliste à BFM, ont effectué une résidence croisée de quelques mois dans le cadre du projet Lysières2. Ils avaient pu faire une restitution de cet échange lors d'un séminaire Pop'Sciences à la Maison de la Recherche et de l’Entreprise de l’Institut catholique de Lyon – UCLy –, le 17 mars dernier.

Une nouvelle restitution co-organisée par l'ENS de Lyon et le CIRI aura lieu le 16 juin à 9h en amphi Anne l'Huilier site Monod ENS de Lyon, à l'occasion d'une matinée dédiée aux relations presse. 

Cette restitution sera suivie par des rapports d'expérience sur les relations presses ainsi qu'une présentation du média The Conversation.

Note: L'Inserm et l'ENS de Lyon étant tutelles du CIRI et partenaires de The Conversation, vous pouvez facilement publier dans ce media qui a un très grande visibilité. Venez le découvrir le 16 juin !

Pensez à vous inscrire ici!

"InSciences" is a science vulgarisation comic strip, illustrated by Maïté Robert with the help of multiple scientists, in partnership with many universities, published by Inserm Occitannie Méditerranée and funded by ANR.

For the 3rd edition, 8 scientific projects are put in the spotlight, including Thomas Henry from the IB2A team and their work on the MEFV gene.

A great way to share these works with a larger public, and discover other's projects, in a colorful format!

Find it by following this link.

Les équipes NLRP3 et NOPAB du CIRI ont travaillé conjointement avec des équipes du professeur Monneret et différents services des HCL pour avancer la recherche sur la réponse immunitaire dans le cas du sepsis. Ces travaux décrivent pour la première fois l’existence d’une population particulière de cellules possédant des propriétés de régulation de la réponse de l’hôte qui participe aux désordres immunitaires induits lors du sepsis.

On estime dans le monde à 11 millions par an le nombre de décès des suites d'un sepsis, la publication de cette étude est un pas de plus pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Ce travail est le fruit d’une collaboration entre :

• trois équipes de recherche du CIRI (Equipe NLRP3 - Dr Bénédicte PY, DR Inserm, Equipe NOPAB,  - Pr Olivier THAUNAT, PU-PH HCL-CIRI) et de l’UCBL1 (Equipe d’Accueil 7426, Pr Guillaume MONNERET, PU-PH HCL-UCBL1)
• deux services de réanimation des HCL (Anesthésie – Réanimation de HEH, Pr Anne-Claire LUKASZEWICZ PU-PH HCL, et Médecine intensive et réanimation de HEH, Pr Laurent ARGAUD, PU-PH HCL)
• trois services du Laboratoire de Biologie Médicale Multi Sites des HCL (Immunologie, Biochimie, Hématologie) au travers de la plateforme PETRA (Plateforme Technologique Translationnelle et Transdisciplinaire)

le Centre d’investigation Clinique des HCL (CIC 1407) 
un partenaire industriel dans le cadre d’une collaboration de longue date (bioMérieux).

Plus d'informations ici.

Ce projet a pour objectif de créer une plateforme pour le traitement et la prévention des infections virales respiratoires, en utilisant le virus de la grippe comme pathogène prototype. Pour atteindre cet objectif ambitieux, des immunothérapies innovantes seront développées et administrées directement au niveau de la muqueuse respiratoire. En cas de succès, les résultats d'InHEALation seront exploités pour offrir un outil technologique permettant de concevoir des immunothérapies contre d'autres agents pathogènes respiratoires et aéroportés.

It is with great sadness that we announce the death of Marlène Dreux, Inserm Researcher at CIRI, on Tuesday March 18, 2025.

Marlène Dreux joined the École normale supérieure de Lyon for a magistère in 2002, where she defended her thesis on the entry of the hepatitis C virus into cells in 2007, as part of the human virology unit. She then left for a brilliant post-doctorate at the Scripps Research Institute, where she focused on the role of autophagy in hepatitis C virus replication. She then widened her field of research to the mechanisms by which different viruses prevent the initiation of an effective immune response, which has remained her favorite area of study.

On her return to France, she passed the CR competition at Inserm, and quickly set up her own team at CIRI, entitled “Viruses, Innate Immunity and Vesicular Traffic”, in line with her research themes. There, she made several major discoveries, notably on the mechanism of detection of many viral infections by plasmacytoid dendritic cells, which depends on cell contact and the formation of a structure she named “interferogenic synapse”.

Marlène also made a major contribution to the center's scientific activities, inviting numerous international colleagues and helping to organize several conferences (IRCI, InnaSCo, French dendritic cell club, etc.). Marlène had recently joined another team where she was starting a new dynamic, but unfortunately her health took a sudden turn for the worse. 

With CIRI and LBMC colleagues and friends at IRCI 2022

Marlène was brilliant, extremely hard-working, as demanding of others as she was of herself, always smiling despite the difficulties she had to overcome. We have lost a colleague, for some a friend, and once again our thoughts are with her family and all those who knew her.  

During CIRI retreat in Chamonix in 2016

Ce lundi 17 mars,un séminaire Pop’Sciences sur la relation entre chercheur et journaliste a eu lieu le à la Maison de la Recherche et de l’Entreprise de l’Institut catholique de Lyon – UCLy – en partenariat avec RCF radio Lyon . 

A cette occasion, Coralie Bouchiat, MCUPH au CIRI dans l'équipe StaPath du CIRI, et Guillemin Rosi, journaliste à BFM, ont pu faire une restitution de la résidence croisée qu'ils ont effectuée ces derniers mois dans le cadre du projet Lysières2. Chacun a pu découvrir le métier de l'autre, des temporalités, des modes de travail différents, mais un similaire manque de moyens. 

Une présentation interessante suivie d'une table ronde tout aussi  riche en enseignements, avec des chercheurs, des journalistes et des responsables communication. 

Pour en savoir plus sur cette résidence, une BD et un podcast seront bientôt réalisés pour en savoir plus sur cette rencontre de deux mondes qui ont besoin d'apprendre à mieux échanger. 

Restitution: 

Programme détaillé du séminaire: 

Table ronde: 

On February 7, 2025, HCL inaugurated the ARTEMIS bioproduction platform for innovative therapies, located at the Edouard Herriot Hospital. This platform will produce and make available to HCL patients innovative new therapies based on immune system modification. This project was made possible thanks to the Fondation HC through the VINCI projet (VaINCre les maladies dys-Immunitaires - defeating dys-Immune diseases). 

The development of these new therapeutics is based on the latest advances in cutting-edge immunology research, carried out at CIRI by the project's main promoters, Professors  Sébastien Viel, Emmanuel Bachy, Alexandre Belot, Florence Ader, Fabienne Venet and Olivier Thaunat.

Find out more (in french) about the Artemis platform, and the HCL's LIFe (Lyon Immunopathology Federation), a strong collective of HCL immunopathologists, also led by CIRI researchers from outside the hospital.

Salima Hacein-Bey and some of the CIRI medical researchers at the inauguration of the Artemis platform (Fabienne Venet, Olivier Thaunat, Sébastien Viel, Alexandre Belot and Florence Ader). 

CIRI held its Annual General Meeting on January 14, 2025, attended by over 200 of its members.

This was an opportunity for CIRI's current DU, Thierry Walzer, to present the 2025 CIRI greetings card generated by IA. 

After a few presentations of the year's scientific news - the REVIDA and CERP industrial chairs, the CryoEM project, the LIA RESPIVIR and the joint IPCEI project between the GIMAP and VirPath teams - the Centre's shared services, committees and commissions were introduced. 

CIRI members can find the slides presented on the intranet. 

The AGM was also an opportunity for Dimitri Lavillette, future CIRI director, to introduce himself and present the Centre's forthcoming evaluation. 

Manuel Rosa-Calatrava's group within the VirPath team and its virnext technology platform conduct partnership and interdisciplinary research aimed at developing and validating new prophylactic and therapeutic strategies against emerging and re-emerging respiratory viral infections in a continuum of in vitro and in vivo preclinical models.

Inserm magazine features a double-page spread highlighting the translational research carried out by the International #jointlab #RESPIVIR France - Canada laboratory, and its commercialization through technology transfer and spin-offs, such as AIS biotech.

Link to the article in the “Entreprendre” section of Inserm magazine (p40-41) (in French)

The article focuses in particular on the collaborative program with Cermav, an expert in industrializable processes for the bio-production of complex polysaccharides. Funded by SATT , this partnership led to the identification and preclinical validation in vivo of Glycoflu, the first compound in a new class of biomolecules that act as decoy receptors to prevent human influenza viruses from attaching to respiratory epithelium cells. Protected by a European patent (EP21305131.1) filed by Inserm, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, ENS de Lyon and Université Grenoble-Alpes, the Glycoflu synthetic complex glycopolymer has been licensed to AIS Biotech, which is now responsible for its marketing.

This new strategy, based on complex, custom-synthesized glycopolymers, represents a new approach that complements vaccination and conventional antivirals in the fight against seasonal epidemic influenza viruses and those with pandemic potential, notably by helping to limit virus transmission and the emergence of resistance.

The CNRS Bronze Medal was awarded to Lucie Etienne, a CNRS researcher in the LPL2 team, on December 17. 

Congratulations to her! 

Find out more about her career and her work on the CNRS website. 

Photos of the ceremony (“V.Noclin - CNRS”)

The importance of metabolic pathways in regulating immune responses is now well established, and a mapping of the bioenergetic metabolism of different immune cell types is under way. CD8 T cells and natural killer (NK) cells contribute to cancer immunosurveillance through their cytotoxic functions and secretion of cytokines and chemokines, complementing each other in target recognition mechanisms. Several immunotherapies leverage these cell types by either stimulating their activity or redirecting their specificity against tumour cells. However, the anticancer activity of CD8 T cells and NK cells is rapidly diminished in the tumour microenvironment, closely linked to a decline in their metabolic capacities. Various strategies have been developed to restore cancer immunosurveillance, including targeting bioenergetic metabolism or genetic engineering. This Review provides an overview of metabolic dysfunction in CD8 T cells and NK cells within the tumour microenvironment, highlighting current therapies aiming to overcome these issues.

On December 6, 2024, ViroDay took place on the ENS Lyon site, organized by CIRI and bringing together IVPC, LBTI and Institut NeuroMyoGène.  Some 175 virologists from Lyon took part in the day's scientific and social events. It was marked by the high quality of the oral and poster presentations, and encouraged interaction between participants and sponsors alike. 

Congratulations to all the winners of the various prizes awarded during the day:

Poster prizes 

Scientific prize - jury: Sarah Maesen (LP2L, CIRI)
Scientific prize - audience: Xhuan-Nhi Nguyen (LP2L, CIRI)
Communication prize - jury: Hiba Hassoun (VCITC, LBTI)
Grand Jury Prize: Marie Verneret (PR2T, IVPC)

Oral prizes

Scientific prize: Amélie Bourgeais (NITROVIRE, CIRI)
Scientific prize: Nicolas Ellinger (VCITC, LBTI)

The ViroDay organizing committee would particularly like to thank all those who took part in the day's events, the CIRI management department for its support, and the sponsors, not forgetting the ENS de Lyon's General Resources and Logistics Department, who all made it possible to host the event and provide a convivial setting for exchanges. This initiative will undoubtedly be repeated in the future, in order to strengthen ties within the Lyon virology community and continue these fruitful exchanges.

Portrait of CIRI prizewinners

Amélie Bourgeais (NITROVIRE, CIRI)

I'm currently a research engineer in the NeuroInvasion TROpisme and VIRal Encephalitis team (NITROVIRE). I just finished my university studies in June this year! I started off with a technical training course, completing a Bachelor's degree in biology, biochemistry and biotechnology at ESTBB, as well as a double bachelor's degree in science, technology and health, with a specialization in biology and biotechnology, in partnership with the CNAM. It was during this training that I discovered my interest in fundamental virology research, which has continued to grow ever since. I've been working with various people at CIRI for several years now. Indeed, I had the opportunity to work as an intern with Viktor Volchkov and Olivier Diaz.

Following this, I completed a master's degree in molecular and cellular biology (specializing in fundamental infectiology) at the Université Claude Bernard Lyon 1. I did my master's internships in Cyrille Mathieu's team, where I developed a strong interest in neurovirology and microscopy. My next objective is to write a thesis on the infection of neural cells and the central nervous system by class 2 to 4 neurotropic viruses. At present, I'm working on the study of the early phases of neural cell infection by Paramyxoviruses. We're focusing on the mechanisms of virus entry into neural cells, and of intra- and inter-neuronal dissemination.

Sarah Maesen (LP2L, CIRI)

As a first-year PhD student, I am working under the supervision of Lucie ETIENNE (LP2L team) on comparative immunity in bats, combining functional, evolutionary and transcriptomic approaches for a better understanding of host-pathogen interaction. I have a Master's degree in Molecular and Cellular Biology, specializing in Infectiology, from Lyon 1 University, and an engineering degree in Biological Engineering from Polytech Clermont-Ferrand.

Xhuan-Nhi Nguyen (LP2L, CIRI)

A tenured INSERM study engineer since 2016 in Andrea CIMARELLI's team, I work on the study of the broad-spectrum antiviral restriction factor TRIM69. In the laboratory, we have already described its ability to modulate host cell microtubules to prevent viral infection. We are now focusing on the mechanism of action of TRIM69, with particular reference to the HIV-1 virus.

Discover with this video how the revida chair proposes to improve diagnosis of viral respiratory infections:

To go in more details, read the latest publication on the performance of host-based markers to enhance the diagnosis of viral respiratory infections which were published in December 2024 in eBioMedecine.

And finally, visit the REVIDA website to know more on the REVIDA chair.

Emilie laurent, UCBL1 study engineer, and Aurélien Traversier, UCBL1 assistant engineer in Manuel Rosa-Calatrava's team and his Virnext technological research platform at the Centre International de Recherche en Infectiologie (UMR 5308 CNRS - U1111 INSERM - ENS Lyon - UCBL1), have been awarded the Cristal collectif by the CNRS for their major contributions to the Virocrib national infrastructure dedicated to the screening of antiviral molecules.

The Cristal Collectif recognizes teams of research support staff who have carried out projects of particularly outstanding technical mastery, collective dimension, applications, innovation and outreach. Virocrib is a consortium set up on the initiative of Ancdré Le Bivic and Sylvie Guerder of CNRS Biologie in response to the COVID19 pandemic, to bring together a range of experts, research teams and platforms, and organize a continuum of know-how and resources, with the aim of being better prepared to respond rapidly to future health crises. The challenge is also to better anticipate the emergence of new respiratory viruses.

Emilie laurent and Aurélien traversier have notably contributed to the establishment of a continuum of preclinical in vitro and in vivo infection models, and to the implementation of numerous campaigns to evaluate candidate antiviral molecules against SARS-CoV-2 in infection models of reconstituted human respiratory epithelia cultured in air/liquid interface.

This Cristal is shared with Adeline Danneels, CNRS Assistant Engineer, Audrey Tarricone, CNRS Research Engineer, in the Virologie Moléculaire & Cellulaire team at the Center for Infection & Immunity of Lille (CIIL, CNRS UMR9017 & Inserm U1019, Institut Pasteur de Lille), Nathalie Gros, Ingénieure d'Etudes Hors Classe CNRS and Lisa Morichon, Ingénie d'Etudes CNRS from the CEMIPAI CNRS UAR3725 - Centre d'étude des maladies infectieuses et pharmacologie anti-infectieuses in Montpellier.

This collective crystal was presented on behalf of Antoine Petit, CEO of the CNRS during the CNRS 2024 medal ceremony, Occitanie Est regional delegation, at the Grands Chais estate on Friday November 15, 2024.

To learn more about virocrib:  https://www.virocrib.fr/

Congratulations to Abdelrahim Zoued, a CNRS researcher at CIRI in the LegioPath team, one of the 10 awardees of this year's European Federation of Biochemical Societies Excellence Award.

The prestigious FEBS Excellence Awards scheme supports early-career group leaders in the FEBS area who have a scientific research track record of proven excellence. FEBS Excellence Awards provide funding of €100,000 for research equipment and consumables over a 3-year period.

FEBS is pleased to announce here the researchers selected by the FEBS Excellence Awards and Fellowships Committee to receive a FEBS Excellence Award following the 2024 call. We congratulate the awardees on their selection and wish them success in their next research steps.

Discovers all the Awardees

31 octobre 2024

Information sur la labellisation “joint lab” de RESPIVIR par l’INSERM

S'appuyant sur une collaboration durable, solide et fructueuse entre les équipes de Guy Boivin au Centre de Recherche du CHU Québec – Université Laval à Québec, et de Manuel Rosa-Calatrava au Centre International de Recherche en Infectiologie à Lyon, et après une validation scientifique par les pairs, l'Inserm et l'Université Laval se sont engagée à la création d’un Laboratoire Conjoint « Joint Lab » entre les deux équipes partenaires - pour une durée de cinq (5) ans – afin de poursuivre le projet intitulé « Mucosal immuno-pathogenesis of emerging and re-emerging respiratory virus infections and development of innovative prophylactic and therapeutic strategies (RESPIVIR France - Canada) ». Ce laboratoire conjoint sera coordonné par :

• En France, Manuel Rosa Calatrava, co-responsable de l'équipe VirPath, unité Inserm CIRI U1111, Lyon et responsable de la plateforme de recherche technologique Virnext (Université Claude Bernard Lyon 1)
• Au Québec (Canada), Guy Boivin, professeur de pédiatrie, Laboratoire de Virologie Moléculaire et Clinique (LVMC) Centre de Recherche du CHU Québec – Université Laval.

Les équipes de l’Université Laval et de l’Inserm ont une collaboration bien structurée et prometteuse dans le domaine spécifique des infections virales respiratoires émergentes et ré-émergentes. L’Inserm et l’Université Laval souhaitent développer leur collaboration sur la base du Joint Lab RESPIVIR, visant à fédérer et amplifier les activités de recherche sur le thème des infections virales respiratoires émergentes et ré-émergentes et le développement de stratégies prophylactiques et thérapeutiques innovantes entre les deux équipes partenaires.

A cet effet, l’Inserm et l’Université Laval souhaitent mettre en place un avenant à l'accord de collaboration en cours, signé en octobre 2021 avec l’Université Laval, l’Université Claude Bernard Lyon 1, le CNRS et l’ENS de Lyon, impliquant ces deux équipes.

Cette entente entre l’INSERM et l’Université Laval a été signée le 29 octobre par Didier Samuel, PDG de l’INSERM, Eugénie Brouillet, vice-rectrice en charge de la recherche, création et innovation de l’Université Laval, Guy Boivin, professeur titulaire à la Faculté de Médecine de l’Université Laval, et Manuel Rosa-Calatrava, Directeur de Recherche INSERM et professeur associé à la Faculté de Médecine de l’Université Laval, à l’occasion de la célébration du 60ème anniversaire de l’INSERM organisé à l’Ambassade de France aux Etats-Unis, Washington DC. Plusieurs autres ententes de partenariat avec les États-Unis et le Canada ont également été signées en présence de Laurent Billi, ambassadeur de France aux États-Unis et de nombreuses personnalités d’institutions partenaires de l’INSERM.

Information sur RESPIVIR

Le Laboratoire International de Recherche RESPIVIR France - Canada a été créé le 7 juillet 2021 par l’Université Laval, l’Université Claude Bernard Lyon 1, le Centre National de la Recherche Scientifique, l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale et l’École Normale Supérieure Lyon. Il a déjà bénéficié de plusieurs financements issus d’appels à projet de l’Université Laval, de l’Université Claude Bernard Lyon 1 (ETOILES), du Centre National de la Recherche Scientifique (« International Research Program) et de la Région Auvergne-Rhône-Alpes (Ambition Internationale).

RESPIVIR est le fruit d’une collaboration assez unique de près de 15 ans entre nos deux pays qui témoigne d’une sincère amitié et d’une envie partagée de collaborer et de travailler ensemble. RESPIVIR vise à être une référence mondiale dans l’étude des virus respiratoires émergents et ré-émergents grâce à la qualité et la pertinence de ses travaux de recherche et d’innovation, de formation et à ses activités de transfert.

Les travaux de recherche menés en synergie par le Pr Guy Boivin au Centre de Recherche du CHU de Québec – Université Laval et le Dr Manuel Rosa-Calatrava dans l’Unité U1111 de l’INSERM au Centre International de Recherche en Infectiologie à Lyon, visent à développer de nouvelles stratégies prophylactiques et thérapeutiques pour lutter contre les virus respiratoires tels que les influenza, les pneumovirus et le SARS-CoV-2, qui constituent un enjeu majeur de santé publique. Avec leur équipe d’une trentaine de chercheurs, ingénieurs, techniciens et étudiants, plusieurs d’entre eux étant en cotutelle de thèse entre nos deux universités, le bilan de ces 15 années de partenariat s’est traduit par 16 publications scientifiques, un portefeuille de 5 familles de brevets et la création de plusieurs startups. L’une d’entre elle, Vaxxel, développe un candidat vaccin vivant atténué bivalent contre les pneumovirus qui a été validé au stade préclinique. Ces résultats publiés, ont récemment été validés par le NIAID dans un autre modèle animal (rédaction d’article en cours) et cette collaboration va se poursuivre pour accélérer le transfert du vaccin en clinique.

Des chercheurs du CIRI se mobilisent pour ce week-end de la fête de la science pour différents événements, notamment autour de l'exposition du musée des Confluences "Epidémies, prendre soin du vivant". Ils vous parleront des épidémies, vues à travers la fiction, le cinéma ou encore les jeux videos N'hésitez pas à aller à leur rencontre, et à visiter l'exposition...

Tout le programme sur :  

Quelques interventions de chercheurs du CIRI: 

Table ronde "Les biotechnologies pour prévenir et guérir les épidémies : quand la réalité dépasse la fiction", avec Olivier Terrier et Cyrille Mathieu, chercheurs CNRS au CIRI. 

Projection/Conférence "Ciné-Sciences spécial épidémies" par Cyrille Mathieu, chercheur CNRS au CIRI, conférence le samedi 5 octobre . 

https://museedesconfluences.fr/fr/agenda/cine-sciences-special-epidemies

Conférence "Plague Inc.: l'apocalypse en quelques clics", avec Aurélien Gibeaud et Charles Terra, doctorants au CIRI.

https://museedesconfluences.fr/fr/agenda/plague-inc-lapocalypse-en-quelques-clics

Conférence "L’épidémie du sang vicié dans World of Warcraft" avec  Jean-Philippe Rasigade et Jean-Sébastien Casalegno, médecins biologistes et infectiologues 

https://museedesconfluences.fr/fr/agenda/lepidemie-du-sang-vicie-dans-world-warcraft

Testimonial from Dr. Xavier Charpentier and Dr. Dimitri Lavillette at the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) - Rhône-Alpes Region Awards Ceremony.

On September 10, 2024, the Casino Grand hosted an evening event organized by the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), bringing together scientists and supporters to celebrate the laureates and advances in medical research. The evening began with an introduction by Valérie Lemarchandel, Scientific Director of the FRM, and Benjamin Pruvost, Chairman and CEO of the FRM.

Dr Dimitri Lavillette introduced CIRI, highlighting its key role in infectious disease and immunity research, with a continuum from basic to clinical research. Dr. Xavier Charpentier took the floor to express his gratitude to the many FRM contributors and partners, underlining the importance of their ongoing support since the beginning of his career. He spoke of the funding challenges associated with antibiotic resistance, a “silent pandemic” compared to COVID-19. The support of the FRM is essential for the development of new knowledge and solutions in the fight against bacteria.

Currently, six CIRI teams are supported by the FRM through various programs such as support for young researchers at the end of their thesis, funding for post-doctoral research, doctoral research contracts (thesis grants), and "Team FRM" labelizations. Infectiology is often underestimated outside the context of health crises, and Dr Dimitri Lavillette expressed deep gratitude to the FRM for its general support and willingness to fund risky, fundamental projects, particularly in less publicized areas of public health research.

The evening was also an opportunity to recognize and celebrate the dedication of the volunteers of the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) - Région Rhône-Alpes, under the guidance of Mrs Geneviève Tachon. All CIRI members express their deep gratitude for this invaluable support.

Translated with DeepL.com (free version)