Axes de recherche
L’équipe CARVI a trois grands axes de recherche:
Axe 1. Caractérisation des déterminants viraux
Ce domaine se concentre sur l'identification et la caractérisation des traits viraux qui déterminent la pathogénicité et sur le suivi de leur évolution dans le temps. Par exemple, l'équipe développe des méthodes innovantes, telles que l'interférométrie bicouche, pour étudier l'équilibre fonctionnel HA/NA chez les virus grippaux provenant de réservoirs humains et animaux. Ces outils soutiendront des projets tels que PEPR PREZODE ZOOFLU (2024-2028). De même, l'équipe étudie l'impact des mutations du génome viral sur la fitness et la sensibilité aux antiviraux chez des virus tels que la grippe, le VRS et le SARS-CoV-2, ainsi que l'évolution intra-hôte et inter-hôte (Destras et al., Lancet Microbe 2022). Ces travaux sont étroitement intégrés aux activités de surveillance des virus respiratoires du Centre national de référence (CNR) pour les virus respiratoires et bénéficient de la plateforme génomique Genepii (Hospices Civils de Lyon).
Axe 2. Interactions des virus respiratoires avec l'hôte/d'autres agents pathogènes
Cet axe explore les interactions entre les virus respiratoires, d'autres agents pathogènes et les cellules hôtes à plusieurs niveaux. Ces dernières années, l'équipe a mis en place divers modèles expérimentaux primaires pour étudier les co-infections virus-bactéries et virus-virus (Ruffin et al., Front Immunol 2021 ; Pizzorno et al., JID 2022). Les projets actuels visent à mieux comprendre les interactions entre les agents pathogènes et leurs hôtes à l'aide de diverses approches, notamment la biologie cellulaire, le profilage transcriptionnel et métabolomique et la modélisation mathématique, dans le cadre d'initiatives financées (ANR PRCI MORIARTY 2023-2026 ; ANR PRME NAReCO 2024-2027). Le projet PEPR-MIE 3D-LUNGO (2024-2028) soutient le développement de modèles physiologiquement pertinents. L'équipe étudie également les réponses de l'hôte, telles que les altérations de l'immunité antivirale lors de co-infections respiratoires, et explore les déterminants spatiaux et saisonniers de la transmission du VRS à travers des études multidisciplinaires (groupe d'étude sur le VRS).
Axe 3. Recherche translationnelle
Cet axe s'appuie sur les connaissances acquises dans le cadre de l'axe 1 (caractérisation des virus) et de l'axe 2 (interactions entre agents pathogènes) afin d'améliorer le contrôle des infections. Deux projets clés illustrent cette approche. Le projet PEPR-MIE VORTEX (2024-2028) vise à développer un outil de détection des infections respiratoires à partir des signatures de composés organiques volatils présents dans l'air expiré. Le projet de chaire industrielle ANR REVIDA (2024-2027) adopte une approche « du chevet au laboratoire » et « du laboratoire au chevet », en se concentrant sur les réponses de l'hôte plutôt que sur les agents pathogènes afin de développer des outils de diagnostic et de pronostic (Mommert-Tripon et al., EBioMedicine 2024) et un nouveau marqueur pronostique de la gravité des maladies respiratoires virales.